外周全血中与老化相关的dna甲基化标记的来源-遗传.pdfVIP

Hereditas (Beijing) 2015 年 2 月, 37(2): 165―173 研究报告 外周全血中与老化相关的DNA 甲基化标记的来源 1 1 1,2 李红东 ，洪贵妮 ，郭政 1. 电子科技大学生命科学与技术学院，成都 610054 ； 2. 福建医科大学基础医学院，消化道恶性肿瘤教育部重点实验室，福州 350108 摘要 : 机体老化与癌症、神经退行性疾病等许多复杂疾病相关。目前，研究者已在外周全血中识别了大量的与 老化相关的DNA 甲基化标记，这些标记可能反映外周血白细胞在机体老化过程中发生的变化，也可能反映外 周血中与年龄相关的细胞构成比例的变化。文章利用 3 组正常个体外周全血 DNA 甲基化谱，采用 Spearman 秩相关分析识别了与老化相关的CpG 甲基化位点(age-related DNA methylation CpG sites, arCpGs)并评价了其可 重复性；利用去卷积算法估计了各外周血样本中髓性和淋巴性细胞的比例并分析了其与年龄的相关性；比较了 在外周全血、CD4+T 细胞和CD14+单核细胞中识别的arCpGs 的一致性。结果显示，在独立外周全血数据中识 别的arCpGs 具有显著的可重复性(超几何检验，P=1.65×10−11) 。外周血髓性和淋巴性细胞的比例分别与年龄显 著正、负相关(Spearman 秩相关检验，P0.05 ，r ≤0.22) ，它们间DNA 甲基化水平差异较大的CpG 位点倾向于 在外周全血中被识别为 arCpGs 。在CD4+T 细胞中识别的arCpGs 与在外周全血中识别的arCpGs 显著交叠(超 几何检验，P=6.14×10−12) ，且99.1% 的交叠位点在CD4+T 细胞及外周全血中的DNA 甲基化水平与年龄的正、 负相关性一致。尽管在CD14+单核细胞中识别的 arCpGs 与在外周全血中识别的arCpGs 并不显著交叠，但是 在交叠的 51 个 arCpGs 中，有90.1% 的位点在CD14+单核细胞、外周全血以及CD4+T 细胞中的DNA 甲基化 水平与年龄的正、负相关性一致，提示它们可能主要反映细胞间共同的改变。在外周全血中识别的 arCpGs 主 要反映某些白细胞共同或特异的DNA 甲基化改变，但是也有一部分反映外周血细胞比例构成的变化。 关键词 : 外周全血；老化；DNA 甲基化；CD4+T 细胞；CD14+单核细胞 Age-related DNA methylation changes in peripheral whole blood 1 1 1,2 Hongdong Li , Guini Hong , Zheng Guo 1. School of Life Science and Technology, University of Electronic Science and Technology of China, Chengdu 610054, China; 2. Key Laboratory of Ministry of Education for Gastrointestinal Cancer, Fujian Medical University, Fuzhou 350108, China Abstract: Aging is associated with many complex diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Re- cently, many age-related DNA methylation biomarkers in peripheral whole blood have been identified. These bio- markers may reflect DNA methylation changes derived from changes in the number of a sp