基于ngs的微生物多组学在人体微生态领域的....pptxVIP

邓旭旭 高级产品经理 xuxudeng@genome.cn 安诺优达基因科技（北京）有限公司;Contents;人体微生态介绍及研究思路;人体微生态overview;Sender R., et al. Cell. 2016.;如何定义健康菌群？;口腔 食管 胃 小肠;;肠道菌群文章发表趋势;微生物研究动态;人类微生物计划 Human Microbiome Project 简称：HMP;微生物研究国际计划;微生物样本;; 16S rDNA测序是最常用的细菌分类标准。通过对指定环境中微生物16S rDNA高变区PCR扩增产物的高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性，包括物种的分类信息和丰度信息等。 研究对象：特定环境中细菌或古细菌。; 18S rDNA 的结构;宏基因组测序（Metagenomic）;基于NGS的微生物研究技术比较;多样性分析/宏基因组技术的区别;独有技术;如何理解精准宏基因组测序？;技术优势;单细胞微生物技术;研究思路—overview;研究思路—tools;研究流程;取样策略（key point）;欲???决的问题;人体微生态经典案例解析;肠道菌群经典案例解析;人体微生物质量分布图;结肠癌、大肠癌 IBD（克罗恩病和溃疡性结肠炎） 代谢综合征：糖尿病，肥胖 动脉粥样硬化，冠心病，心脑血管疾病等 过敏性疾病 精神性疾病：孤独症，焦虑抑郁，慢性疲劳综合征等 艾滋病 风湿性疾病：类风湿性关节炎（RA）;影响肠道微生态的因素;影响肠道微生态的因素;肠道菌群与致病性之间的关系;肠道微生态的研究的材料;1、肠道菌群与癌症—perspective;1、肠道菌群与癌症：overview;研究样本： 70个病人（59个结直肠癌、21个肠息肉患者）、59个正常个体；43个粪便和59个粘膜样本 文库构建： 16S文库，V3/V4区 测序平台及策略： Illumina MiSeq 平台, PE250;结肠直肠癌患者粘膜的微生物群与 健康人不同;健康与病人OTUs的co-abundance network analysis;2、肠道菌群与炎症性肠病;细菌群落的变化;与IBD有关的细菌和真菌物种;3、肠道菌群与血栓;TMAO与血栓形成有密切的关系;无菌小鼠接受不同食物而导致肠道菌群的变化;血浆中TMAO水平的升高预示血栓形成的风险增加； TMAO能极大的激活依赖性血小板； 在体内，饮食中的胆碱、肠道微生物和TMAO与血栓相关； 盲肠移植实验表明血栓的风险也可移植。;4、肠道菌群与肥胖：overview;4、肠道菌群与肥胖;4、肠道菌群与肥胖;RYGB、VBG手术对肠道菌群的改变是长期的。 RYGB、VBG改变了bile acid （和）TMAO 的代谢。 手术能够改变有助于脂肪增重的肠道菌群。;5、肠道菌群与抗生素抗性;使用抗生素后早产儿肠道菌群的丰度明显降低;庆大霉素和万古霉素治疗后物种和抗性基因出现了特异性的富集;人体其它微生态案例解析;皮肤菌群里的有益菌和抗菌肽对抗皮炎;皮肤菌群里的有益菌和抗菌肽对抗皮炎;AD皮肤微生物菌群失调与金黄色葡萄球菌的移植相关;;生殖道微生物;阴道微生物菌群分析;细菌多样性与促炎因子呈正相关;血液微生物;各物种的Reads比例及不同发病期间的物种Veen图;取样方式： 取材：以182个妇女研究对象，其中93个研究对象是感染阳性； 测序策略： 16S测序：16S rRNA基因V4区； Illumina MiSeq， PE250;不同取样位点处的微生物组成不同;肺组织微生物;研究结果展示;研究结果展示;人体微生态四大研究方案;;生物标记物挖掘;儿童肠道菌群在形成Ι型糖尿病的作用;非权重UniFrac距离的PCoA分析（16S） ;婴儿肠道微生物物种随时间变化（关联网络分析）; 测序策略： 宏基因组测序： Illumina HiSeq 2000 数据产出：751,000,000 high-quality reads 其他技术：qPCR;图1.结直肠癌患者失调的肠道微生物物种;图3.验证与结直肠癌相关的较好微生物基因标记物; 取样方式： 50个患不同龋齿发生阶段的4岁儿童，后续用20个患有严重龋齿和20个正常儿童验证，取牙菌斑和唾液样本。 测序策略： 16S多样性分析：16S V1-V4区，测序平台Roche 454 FLX。;通过信息分析发现20个物种能够预测或判断 龋齿的发生;菌株水平研究;菌株水平研究人体疾病的技术方案; 取样方式： 49个参试者，其中超重：肥胖=11:38，男性：女性=8:41；处理：6周CR（calorie restriction）饮食+6周WS（weight stabilisation）饮食； 检测：本底水平和处理后粪便中Akk菌丰度、粪便微生物基因