NCBI分子生物学数据库 网络生物医学 教学课件.pptVIP

美国国立医学图书馆（NLM）于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心（NCBI）。 NCBI的主要任务是： 为储存和分析分子生物学、生物化学和遗传学知识创建自动化系统。 从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法，用于分析生物学上重要分子和化合物的结构和功能。 促进生物技术研究者和医药治疗人员应用数据库和软件。 努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。  NCBI简介 主页网址 / Entrez系统现已改为All Databases 新的Entrez检索界面为用户检索这些数据库提供了很大的方便。因其最大的特色在于所有的数据库可在同一个检索界面进行检索，其结果之间建有超级链接，可直接进行交互访问使用。通过相关链接，Entrez将这些数据库有机地结合在一起，可以进行序列、结构、生物分类及文献数据的相关交叉检索。 注 意 All Databases 在NCBI主页）的搜索框中（输入presenilin 1）搜索的结果是一致的。 (一) Nucteotide (核苷酸序列数据库) 收集了多个来源核酸序列的数据库，包括来自美国GenBank，英国EMBL (欧洲分子生物实验室)，DDBJ(日本)，RefSeq（参考序列数据库） ，的序列。每日NCBI的工作人员将世界各地实验室提交的核酸序列数据以及与国际其他核酸数据库等交换获得的核酸序列数据加入到数据库中，其数据量呈指数增长。 所有已知的核苷酸序列 与之相关的生物学信息 参考文献 NG 011640 (二) Genome (基因组数据库) 包括各种基因组、全部染色体、序列图及集成的遗传与物理图谱。可通过该数据库浏览人类全部基因组序列数据的图像。 该数据库1990年初建于美国霍普金斯大学，是一个专门汇集存储人类基因组数据的数据库，其中包括了全球范围内致力于人类 DNA结构和100，000种人类基因序列研究的分析成果。对从事相关领域的研究人员具有重要的参考作用。　　目前，该库包括以下多种内容：　　人类基因组，包括基因、克隆、断裂点、细胞遗传标记物、易断位点，重复片段等。人类基因组示意图, 包括细胞遗传图关联图，辐射杂交图、综合图等。人类基因组内的变异, 包括基因突变和基因多态性，还有等位基因发生频次等数据资料。该数据库为文理中心和北京大学生命科学学院国家蛋白质重点实验室联合引进，在北京大学图书馆设立了镜像服务器，面对 CALIS所有成员馆免费开放，用户免付国际网通讯费。 数据库网址： /gdb/  (三) Protein (蛋白序列数据库) 该数据库的蛋白质序列数据包括来自GenBank，EMBL，DU，BJ数据库的DNA序列的翻译编码产物，以及向PIR (蛋白信息资源)，SWISS-PROT(蛋白质序列注释知识数据库)，PRF (蛋白研究基金数据库)，PDB (蛋白数据库)等数据库提交的蛋白序列数据。 (四) EST (表达序列标签数据库)expressed sequence tags 表达序列标签是指从不同组织来源的cDNA文库中随机挑选的克隆进行5’或3’端测序后得到的部分cDNA序列,长度一般为200～500bp 表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等许多方面具有重要的用途. 生物技术通讯2003年 第14卷 第01期，题目：表达序列标签及其应用 作者: 陈红歌, 贾新成,本文介绍了EST的制备方法,以及构建均一化cDNA文库的方法,并介绍了EST在以上各方面的应用. (五) GSS 是Genebank 的一个分之,与EST相似 (六) Structure (结构数据库) 结构数据库或分子模型数据库（MMDB）包括了来自PDB（Protein Data Bank）数据库的由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的大分子三维结构的信息。由于Entrez系统的所有数据库间的交叉链接，由此用户可以很方便地从网上浏览大分子的平面图像或三维立体图像。 Cn3D 4.1 (七) PopSet (种群组数据库) 该数据库收录来自种群研究、种系发生研究或突变研究的数据。包括核酸和蛋白质序列数据库 (八) OMIM (人类孟德尔遗传数据库) 该数据库收集了人类基因与遗传疾病的各种信息，包括原文、图片和参考信息，同事还可以链接到Entre系统的Medline数据库中相关文献和序列信息。此库为动态。 作业以Down‘s syndrome为例检索 (九) Taxonomy (生物分类数据库) 该数据库收录了在NCBI数据库中出现的所有生物的核酸序列或蛋白序列，可按生物学门类进行检索