《DNA-蛋白质构象的统计性质研究》毕业论文的文献综述.doc

《DNA-蛋白质构象的统计性质研究》的文献综述 一、DNA-蛋白质 DNA-蛋白质相互作用是生命形式存在的基本原则[1]，是遗传基因的发展和进步的关键。这些交互作用的研究是我们认识理解生长、发育、分化、进化以及疾病的基础。蛋白质与DNA的相互作用在分子生物学领域占有重要地位。例如，在确定和调节染色体结构、DNA复制、重组和修复、基因转录、病毒感染等方面具有很大作用。同时，DNA-蛋白质相互作用的研究对生物工程学产业的发展也日益重要。 我们能够识别一个给定 DNA 序列的蛋白质的种类。我们定义一种氨基酸，这种氨基酸接触DNA 和面向DNA 的蛋白质的表面。而且我们已经确认这个识别过程中氨基酸的本质。此外，我们还能够研究在DNA-蛋白质复合体形成时蛋白质的三维结构以及蛋白质构象的改变。最后,我们能够测量DNA-蛋白质复合体的球行参量，例如它形成和分裂的动理学、它的稳定性和相互作用的能量。 如今，“基于硅片的生物学”的出现，为我们开拓了DNA-蛋白质研究的新途径。我们可以通过计算机模拟，从而研究DNA-蛋白质的内部结构和蛋白质的热稳定性。蛋白质的基本结构单元是氨基酸，在蛋白质中出现的氨基酸共有20种。这些氨基酸由肽键相连形成一个多肽链，在多肽链中的一个氨基酸分子称为残基，因此分析DNA-蛋白质分子间紧密接触对[2]的相互作用对研究DNA-蛋白质的结构特征和稳定性显得特别重要。根据DNA-蛋白质分子中α螺旋与β折叠的含量与排布不同，可以把蛋白质分子分为四种结构类型：(i)全α蛋白，蛋白质分子结构基本上是由α螺旋形成的；(ii)全β蛋白，其分子结构中β折叠链含量较高；(iii)α+β蛋白，蛋白质分子中，α螺旋与β折叠分隔排布；(iv)α/β蛋白,蛋白质分子结构中α螺旋和β折叠相间交叉排布[3]。这四种结构的蛋白质分子在形成紧密接触对时的能力与接触对的分布上存在较大差异，这引起很多生物化学家，生物物理学家，分子生物学家的极大兴趣，他们对此进行了大量的研究[4-17]。 二、蛋白质的研究现状 在过去的二十年里，生物学家、化学家、物理学家们以各种各样的方式，去揭示蛋白质是如何折叠成它的自然结构。下面介绍几种模型： 1.HP 模型 Dill小组最先提出蛋白质H—P格点模型，如图1所示，这个模型可以简易有效地描述蛋白质的基本性质，并且能清楚地知道它的自然基态结构。如前所述，蛋白质是由20 类氨基酸组成的。根据每类氨基酸的亲水疏水特性的不同，可以大致分为两大类，即把20 类氨基酸分为疏水性的氨基酸和亲水性的氨基酸，并分别用两个有效氨基酸 H 和 P 来表示，一般称为 HP 模型。这是 Dill 和他的合作者们在80年代末提出来的。尽管用2 种类型的有效氨基酸表示蛋白质是太简化了，但这样的简化模型研究在一定程度上也反映出蛋白质系统的一些基本特性和表征了蛋白质的复杂性，同时又可用它来进行模型化的研究。有许多学者用 HP 模型作了许多相关研究工作，如有关二维和三维格点的模型研究等[18]。 P 疏水基团 H 亲水基团 图1:二维H-P格点模型示意图 2.HNP 模型 最近几年，科学家从蛋白质工程的实验中得到启发,建议把20种氨基酸分为三大类对待。Miyazawa-Jernigan根据这个模型修正了相互作用矩阵，提出HNP模型,如图2所示。并把三类氨基 H 亲水基团 P 疏水基团 图2:二维HNP格点模型示意图 酸命名为疏水性氨基酸(hydrophobic residues,H),包括:Leu, Phe, Met, Ile, Trp, Val, Cys和Tyr; 中性氨基酸(neutral residues,N),包括:Hi