DNA-蛋白质构象的统计性质研究 开题报告.doc

*** 毕业论文（设计）开题报告 题 目： DNA-蛋白质构象的统计性质研究 　 学 院： 物理与电子信息学院 年级与专业： 物理学专业 学生姓名： 学 号： 指导师姓名： 指导师职称： 教 授 完成日期： 年4月13日 ***毕业论文（设计）开题报告 学生姓名 学　号 学 院 物理与电子信息学院 班　级 论文（设计）题目 DNA-蛋白质构象的统计性质研究 指导师姓名 职 称 教 授 指导师研究方向 高分子物理、生物物理、蛋白质构象折叠 一、文（设计）选题的依据（选题的目的和意义、该选题在国内外的研究现状及发展趋势、主要参考文献等） 科学的发展日新月异，生物科学进入一个快速发展的新时期。其中最引人注目的是结构生物学的发展。蛋白质在所有的生物过程中都起着关键的作用。研究蛋白质的功能需要深入了解它们的结构，特别是空间结构（三维结构）。蛋白质的三维结构完全由其氨基酸序列决定。如果能从氨基酸序列直接确定蛋白质的结构，将大大有助于了解其结构与功能之间的关系。我们可以依据这种了解来对现有蛋白质进行结构改造，从而有目的地改变其功能。如果没有蛋白质三维结构的确切知识，很难对生物学很多领域进行深入的研究。蛋白质的种类繁多，因此蛋白质的研究方向各异。G.Geoff Kneale博士最新提出DNA-protein相互作用的原理和结构。 DNA-protein的相互作用是生命形式存在的基本原则，是遗传基因的延续和进化的关键。这些交互作用的研究是我们认识生长、发育、差异以及疾病的基础。因此我选择DNA-protein和protein-DNA作为研究对象。可以明确的是研究DNA-protein和protein-DNA的原子间相互作用也是我们认识蛋白质的一种渠道，因此统计DNA-protein和protein-DNA原子间的紧密接触对是有它的意义的。 在过去的二十年里，生物学家、化学家、物理学家们以各种各样的方式，去揭示蛋白质是如何折叠成它的自然结构，尝试通过一条给定的序列去预测蛋白质稳定的，能量最低的，简并度为1的结构。Dill小组提出的蛋白质H—P格点模型在这方面有杰出的贡献，这个模型可以简易有效地描述蛋白质的基本性质，并且能清楚地知道它的自然基态结构。最近几年，Miyazawa-Jernigan根据这个模型修正了相互作用矩阵，并提出了新的HNP模型。这样一来，氨基酸之间的相互作用力与真实的蛋白质之间更加接近。同时，在我们国内，对蛋白质结构和功能的研究也正飞速发展。中国科学院理论物理所的欧阳钟灿院士、中国科学院上海生物化学研究所的胡红雨、南京大学的王炜等都致力于蛋白质的研究。本校的章林溪老师和王向红老师目前也正从事这一方面的研究。 主要参考文献： 生物信息学概论[英] T K Attwood D J Parry-Smith 著 罗静初等译 北京大学出版社 生物信息学 张阳德 编著 科学出版社 蛋白质分子结构 阎隆飞 孙之荣 主编 清华大学出版社 DNA-Protein Interactions Principles and Protocols Second Edition Tom Moss Humana Press Totowa,New Jersey M. Michael Gromiha and S . Selvaraj : Role of medium- and long-range interactions in discriminating globular and membrane proteins , Macromolecules , 29 (2001) 25-34 Huan-Xiang Zhou : Dimmensions of Denatured Protein Chains from Hydrodynamic Data , J Phys . Chem . B 2002 , 106 , 5769-5775 Xiang-hong Wang , Jian-hong Ke and Zhen-Quan Lin:The Distribution function of residue-residue contacts in protein molecules , Chinese Journal of Polymer Scinence Vol . 23 , NO.4 , (2005),01-06 H.S Chan , K.A.Dill .