第二十四至二十六教学单元-第9章微生物的生态第10章分类和鉴定2.ppt

以生物学表型为指标的传统方法，正在向微量化、简便化、快速化、智能化的方向发展。目前，已有商品化的鉴定系统，如： API系统 “Enterotube” “Biolog”全自动和手动系统 按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类 特点: 使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。 步骤: (1) 收集菌株，选择性状 (2) 性状编码 (3) 相似性计算: 计算相关系数Ssm或Sj： Ssm=（a+c）/(a+b+c) 正负反应性状 Sj=a/(a+b+c) 正反应性状 Sj 80~85% 种 Sj 65% 属 (4)系统聚类 (5)聚类结果的表示 1. 数值分类法（统计分类法） （二） 现代分类鉴定方法 2. 微生物遗传型的鉴定 特点： 与形态及生理生化特性的比较不同，对DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微生物之间基因组的差异，因此结果更加可信。 （1） DNA碱基比例的测定 测“GC比”： (G+C ) mol% = （G+C ）/（A+T+ G+C ）× 100% 分类学上，用G+C占全部碱基的克分子百分数来表示各类生物的DNA碱基组成特征。 DNA碱基组成是各种生物的一个稳定特征，即使个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。 a）每个生物种都有特定的GC%范围，因此可以作 为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%， 变化范围最大。 b）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作 出鉴定，从分子水平上判断物种的亲缘关系。 c） GC%的比较，主要用于分类鉴定中的否定. 亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的G+C含 量，但具有相似G+C含量的生物，并不一定表明它 们之间具有近的亲缘关系。 GC%使用注意事项： 同一个种内的不同菌株GC%含量差别应在4～5%以下； 同属不同种的差别应低于10～15%； GC%含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项 基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。 若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的 菌株，如果其GC%含量的差别大于5%，则肯定 不是同一个种，大于15%则肯定不是同一个属。 （2） 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。 第九章 微生物生态学 本章内容 第一节 自然界中的微生物 第二节 微生物生态学的研究方法 第三节 微生物活性的测定方法 第四节 微生物在自然界物质循环中的作用 第五节 微生物之间的关系 第六节 微生物与环境治理 第七节 瘤胃微生物生态系统 第八节 产甲烷作用和互养共栖 第七节 瘤胃微生物生态系统 一、瘤胃中的微生物发酵 草食动物进食后，由纤维素分解菌和原生动物将纤维素分解为纤维二糖，最终降解为葡萄糖，葡萄糖经过微生物发酵产生乙酸、丙酸、丁酸、CO2和CH4，小分子的有机酸通过瘤胃壁进入血液，进一步氧化，为动物的生命活动提供能量来源，瘤胃中的这些反应大约需要9~12小时完成。瘤胃微生物不仅为反刍动物提供能量来源，而且提供氨基酸和维生素，这些都是动物必须的营养物质。 二、瘤胃细菌 种类 革氏染色 形状 发酵产物 纤维素分解菌 产琥珀酸丝状菌 阴性 杆状 琥珀酸、乙酸、甲酸 溶纤维丁酸弧菌 阴性 弯曲杆状 乙酸、乳酸、丁酸、甲酸、H2、CO2 白色瘤胃球菌 阴性 球形 乙酸、甲酸、H2、CO2 Clostridium lochheadii 阴性 球形 乙酸、丁酸、甲酸、H2、CO2 淀粉分解菌 拉氏拟杆菌 阴性 杆状 乙酸、甲酸、琥珀酸 嗜淀粉瘤胃杆菌 阴性 杆状 乙酸、甲酸、琥珀酸 反刍月形单胞菌 阴性 弯曲杆状 乙酸、丙酸、乳酸 溶淀粉琥珀酸单胞菌 阴性 卵圆形 乙酸、丙酸、琥珀酸 牛链球菌 阳性 球形 乳酸 乳酸分解菌 解乳月形单胞菌 阴性 弯曲杆状 乙酸、琥珀酸 埃氏巨球形菌 阳性 球形 乙酸、丁酸、丙酸、戊酸、己酸、H2、CO2 果胶分解菌 多对毛螺菌 阳性 弯曲杆状 乙酸、甲酸、乳酸、H2、CO2 产甲烷菌 瘤胃甲烷短杆菌 阳性 杆状 CH4 运动甲烷微球菌 阴性 杆状 CH4 三、瘤胃原生动物和真菌的作用 瘤胃中特有的原生动物群落（约106/ml）主要由专性厌氧的纤毛虫组成，虽然它们不是瘤胃发酵所必须的生物种群，但它们捕食瘤胃细菌，起着控制瘤胃细