DNA和RNA数据库资源.ppt

网络生物医学资源 课程内容 1.DNA和RNA数据库资源 2.蛋白质数据库资源 3.Gene Ontology网络资源 DNA和RNA数据库资源 近年来，随着生物实验方法和检测手段的发展，产生了大量的生物学的实验数据 这些数据进行分类整理，产生了生物学数据库 生物信息学数据库：核酸序列数据库，蛋白质序列数据库，蛋白质、核酸的二级结构和三级结构数据库，基因组数据库等。 DNA和RNA数据库发展过程 上世纪80年代第一个核酸数据库建立起来 核酸数据库发展迅速，目前已经 三大核酸数据库：GenBank, EMBL, DDBJ 非编码RNA数据库：ncRNA 表达序列标签数据库：dbEST 序列标签位点数据库：dbSTS 基因组相关数据库： 人类基因组数据库：HGD 基因组序列数据库：GSDB 人类孟德尔遗传在线：OMIM 人类单核苷酸多态数据库：dbSNP 肿瘤基因数据库：TGDB 疾病关联数据库：GAD GenBank数据库 GenBank数据库，由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心(NCBI)构建、维护和管理。 GenBank数据库包含了已经公开的30万个不同物种生物的核酸序列。 GenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核酸序列数据库(EMBL)和日本的DNA数据库(DDBJ)进行数据交换。 GenBank按照分类群分类 细菌(BCT) 病毒(VRLA) 灵长类(PRI) 啮齿类(ROD) GenBank测序策略分类 表达序列标签(EST) 基因组勘测序列(GSS) 环境样品序列(ENV) 高通量基因组(HTG) 高通量cDNA序列 全基因组鸟枪测序序列(WGS) 转录组鸟枪组合序列 如何利用GenBank GenBank 网站网址：/genbank/ Google Entrez系统 使用Entrez检索系统可以访问GenBank中的序列记录。 Entrez可以检索35个数据库。 Entrez系统包括GenBank和其它资源的DNA和蛋白质序列信息；还包括基因组图谱、种群、进化和环境序列数据集等等，还包括PubMed和PubMed Central的文献连接 NCBI：/ BLAST BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。 BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 如何获得此类收费文章 学术互助网站进行文献求助 所在科研单位购买了此文章 直接给通讯作者写信 文献求助 比较常用的文献求助网站：小木虫 小木虫帐号属于邀请注册，必须有已经注册小木虫的人进行邀请才能注册 求助文献需要金币，一般每篇文献需5个金币，一天只能求助3篇文献 FTP格式获取GenBank GenBank的数据可以通过FTP的站点获取 /genbank Ensembl数据库 Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释并加以维护的软件。 该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息学研究所共同协作运营 基因注释的数据来源 基因组数据 UniProt蛋白质序列 NCBI RefSeq蛋白质和核酸序列 EMBL cDNA序列 miRBase数据库 miRBase数据库()是可以检索已发表的miRNA序列和注释内容的数据库。 ClustalW-Multiple Sequence Alignment ClustalW2: EMBL http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ ClustalW2 is a general purpose multiple sequence alignment program for DNA or proteins 蛋白质序列数据库 随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多的关于蛋白质序列，结构和功能的信息。基于这些信息构建了蛋白质序列数据库，蛋白质三维结构数据库等数据库。 常用的蛋白质序列数据库有PIR, Swiss-Prot, MIP PIR(Protein Information Resource) PIR蛋白信息数据库，由美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation)维护 包括四个子库：PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。 其中收录的词条分成不同的家族组，并且可对每组间进行序列比较。该数据库每周更新，每年发行四版。 UniProt UniProt是Universal