Gene Ontology (GO) 简介.ppt

Gene Ontology (GO) 简介 目的： 为了查找某个研究领域的相关信息，生物学家往往要花费大量的时间，更糟糕的是，不同的生物学数据库可能会使用不同的术语，好比是一些方言一样，这让信息查找更加麻烦，尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontology中最基本的概念是term。 GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记，形如GO:nnnnnnn，还有一个term名，比如“cell”, “fibroblast（纤维组织母细胞 ） growth factor receptor（受体） binding”，或者“signal transduction”。 每个term都属于一个ontology，总共有三个ontology，它们分别是molecular function, cellular component和biological process。 一个基因product可能会出现在不止一个cellular component里面，也可能会在很多biological process里面起作用，并且在其中发挥不同的molecular function。 比如，基因product “cytochrome（细胞色素） c” 用molecular function term描述是“oxidoreductase activity（氧化还原酶活性）”，而用biological process term描述就是“oxidative phosphorylation（氧化磷酸化）”和“induction of cell death”， 最后，它的celluar component term是“mitochondrial matrix（线粒体）”和“mitochondrial inner membrane”（线粒体内部膜）。 Ontology中的term有两种相互关系，它们分别是is_a关系和part_of关系。 is_a关系是一种简单的包含关系，比如A is_a B表示A是B的一个子集。比如nuclear chromosome is_a chromosome。 part_of关系要稍微复杂一点，C part_of_D意味着如果C出现，那么它就肯定是D的一部分，但C不一定总会出现。比如nucleus part_of cell，核肯定是细胞的一部分，但有的细胞没有核。 Ontology的结构是一个有向无环图，有点类似于分类树，不同点在于Ontology的结构中一个term可以有不止一个parent。 比如 biological process term hexose biosynthesis 有两个parents，它们分别是hexose metabolism和monosaccharide biosynthesis，这是因为生物合成是代谢的一种，而己糖又是单糖的一种。 Not found Not found Not found 一、问题的提出 解决方法 One way of accelerating the pace of data analysis is to approach the data from a higher level of organization. This can be done using data-driven methods, such as hierarchical clustering and selforganizingmaps A complementary approach is to view the data at the level of known biological processes or pathways. We have developed a tool called MAPPFinder that dynamically links gene-expression data to the GO hierarchy. One tool that assists in the identification of important biological processes is GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) , a program for viewing and analyzing microarray data on microarray pathway profiles (MAPPs) representing biological pathways or any other functional grouping of genes.