一种中间代谢途径代谢通量的定量分析方法.pdfVIP

维普资讯 2003；30 (2) 生物化学与生物物理进展 lrog．Biodmm．Biophys． ·301 · · ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 。 ◆ i技术与方法 ； ． I． · ．I - · _ ◆ · · ．I． · _．·Hl 一 种 中间代谢途径代谢通量的定量分析方法* 张慧敏1,2 朱江峰2 清水和幸2 姚善泾) (浙江大学化学工程与生物工程学系，杭州 310027； 九州工业大学生物系统工学系，福冈，820-8520，日本) 摘要 以 C标记的碳源，用二维核磁共振技术 (H_C， QC)测定代谢 中产生的氨基酸标记模式，研究对 中间代谢途径胞内代谢通量进行定量分析的方法 ．通过开发软件包 ，改进 同位素分布的数学模型，提出了反应 映射矩阵 (RMM)等概念 ．由简化算法 。提高程序的执行效率，建立了定量分析胞 内代谢通量的平台．代谢模 型涉及了糖酵解途径、磷酸戊糖途径、三羧酸循环、几种回补反应、发酵途径和氨基酸合成途径． 关键词 代谢通量。二维核磁共振技术 ，中间代谢途径 。同位素分布模型 学科分类号 TQ921．7 随着基因组学和酶学的发展，对生物代谢途径 成一个黑盒子，已知输入和部分输出的通量以及 内 的研究已经进入了定性和定量的分子水平．代谢通 部的结构，要考察内部代谢通量的分布情况．中间 量的概念表示胞内不同酶催化反应进行的速率，在 代谢产物相对于输入输出处于一个很小的浓度，在 定量分析中可为研究胞内代谢过程提供有力的工具． 拟稳态假设下，认为其生成与消耗处于平衡状态 ， 胞内与环境之间的物质交换通量，如底物消耗、产 需要首先对中间代谢产物作物量平衡的计算来描述 物生成、生物量生长和气体放出速率等，可以通过 系统内部结构的信息[1，．以6一磷酸葡萄糖 (G6p) 仪器来检测．Sonia等…曾经基于这些数据，通过系 为例 ： 数矩阵模型，利用中间代谢产物作物量平衡来计算 VGIcG6p—VG6pl~p一 G6pR5p—VG6pli,~ =0 (1) 胞内代谢通量．但是，结果的准确性往往取决于所 其中，Glc、G6p、F6p、RSp、biomass分别代 建立的不同辅酶因子平衡假设的有效性 ，或待优化 表葡萄糖 (glucose，Glc)、6一磷酸葡萄糖 (glucose- 的最大化生物量等 目标方程的合理性．1995年， 6-phosphate，G6p)、6．磷 酸 果 糖 (fructose-6一 等2【J将二维核磁共振技术应用于获取胞 内 phosphate，F6p)、5一磷 酸 核 糖 池 (rihose-5一 代谢信息．Schmidt等 J提出了从氨基酸的标记模式 phosphatepool，Ip)和合成的生物物质． 来计算其在中间代谢途径前体的标记模式更为可行． 同样对代谢模型中其他的中间代谢产物作物量 我们利用 C标记的碳源。通过二维核磁共振 平衡 ，用矩阵的形式表示则为： 技术 (0H_C，卜ⅡQC)来测定氨基酸的标记模 A ·f=b (2) 式，通过改进同位素分布的数学模型 ，为定量分析 式中A为物量平衡的系数矩