《生物信息学》李霞著.pdf

[General Information] 书名=生物信息学 作者=李霞著 页数=478 出版社=人民卫生出版社 出版日期=2010.07 SS号 DX号=000006947972 URL=/bookDetail.js p?dxNumber=000006947972d=7A9036969CD85387E EDCE059852389EA 封面 书名 版权 前言 目录 绪论 第一节 生物信息学的兴起 一、人类基因组计划 二、生物信息学与组学 第二节 生物信息学在生命科学中的地位及意义 一、生物信息学内涵 二、生物信息学在现代生物医学发展中起着重要作用 第一篇 生物信息学基础 第一章 DNA、RNA和蛋白质序列信息资源 第一节 引言 第二节 核酸序列数据库 一、GenBank数据库 二、EMBL数据库 三、DDBJ数据库 四、其他数据库 第三节 蛋白质序列数据库 一、PIR数据库 二、MIPS数据库 三、其他数据库 第四节 NCBI与EMBL-EBI 一、NCBI简介 二、EMBL-EBI简介 三、通过Entrez Gene从NCBI获取序列信息 四、通过SRS从EBI中获取蛋白质序列信息 小结 第二章 双序列比对 第一节 引言 一、同源、相似与相同 二、相似性的定量描述 三、空格 第二节 替换记分矩阵 一、通过点矩阵对序列比较进行记分 二、DNA序列比对的替换计分矩阵 三、蛋白质序列比对的替换记分矩阵 第三节 双序列比对算法 一、全局比对的经典算法 二、局部比对的经典算法 第四节 数据库搜索 一、BLAST 二、数据库搜索实例 第五节 比对的统计学显著性 一、全局比对的统计学显著性 二、数据库搜索的统计学显著性 第六节 参数的选择 一、空格罚分参数 二、BLAST的参数 三、如何处理太多与太少的数据库搜索返回 小结 第三章 多序列比对 第一节 引言 一、多序列比对具有广泛的应用 二、多序列比对存在多种种类 第二节 相似性与距离、计分与罚分、替换矩阵 一、相似性与距离是序列相似性的两个主要度量 二、存在多种方法对比对进行计分与罚分 三、精确计算失配计分需要使用核苷酸和氨基酸替换矩阵 四、记分方法可显著影响多序列对比 五、多序列对比的困难性 第三节 主要比对方法与软件 一、动态规划法 二、渐进多序列比对 三、迭代法 四、基于一致性的方法 五、多序列比对结果编辑器 第四节 局部比对、glocal比对和syntenic比对 一、局部比对 二、glocal比对 三、syntenic比对 第五节 全基因组比对 一、全基因组多序列比对 二、UCSC基因组浏览器 三、其他方法与软件 第六节 软件、参数和比对质量 一、软件的选择 二、计分等参数的选择 三、控制比对质量 四、注意事项 小结 第四章 序列特征分析 第一节 引言 第二节 DNA序列特征分析 一、利用GENSCAN识别基因开放阅读框 二、利用POLYAH预测分析转录终止信号