淀粉样Aβ25-35片段寡聚体与POPG双层膜相互作用的分子动力学模拟Molecular dynamics simulation of the interaction between amyloid A beta 25-35 fragment oligomer and POPG bilayer.pdfVIP

目录 摘 要 …”..…”一……”……………川 A b s tra c t.。.一 。.，..… 。二。.。。..… 。..… … 。.。.。。，。.。.。.。..… 。二。.。.… 。。.。.… 。.… 。。.… 。.。。.… 。。.。。。.。。.。。.。。… 。… 。一 。。.。。。.… 。.。二。扭V 第 一章 绪 论 一……1 1.1 研 究背景 ……，……1 1.1.1 A p 蛋 白介 绍 与研 究……1 1.1.2 细胞膜 与磷 脂双 分 子层 介 绍 与研 究 ……2 1.2 蛋 白质 结构 的相 关 知识 ……5 1.2.1 蛋 白质 结构 分类 ……6 1.2.2 蛋 白质 分 子 作 用 力 ……8 1.3 膜 蛋 白结构 简介 ……9 第 二 章 计 算方法 …… ，..……，二~……~.…~.…~...……，一 ，.，”……，……，.，..…… 12 2.1 分子动 力学 模拟 方 法 ……12 2.2 恒 温 恒 压 藕 合 算 法 2.3 经验 力场 和 G RO M A CS 介 绍 ……16 第 三 章 A p25一3s 片段 与 po pG 膜 的实验研 究和 分 子动 力学模 拟研 究…… 19 3.1 A p 25一35 研 究 现 状 ……，……，..……19 3.2 计算 细节 ……，……，……20 3.2.1 模 型搭 建 与 初 始 结 构 ……20 3.2.2 模拟 条件 和 参 数 设置 ……，……23 3.3 A 叩5一35 片段 与 Po pG 膜 相 互 作 用 的结 果 与 分析 ……24 3.3.1 膜厚度 (Th ickness)和单位 磷脂分 r 所 占面积 (Area per lniid ) 分析 ……25 3.3.2 水分 于 流 量 (F low ) 计 算 ……26 3.3.3 磷 脂 分 子尾 部序 参 数 (Scd) 分析 ……27 3.3.4 磷 脂 分 子 中磷 原子 位 置 涨落 (Position fluctuation ) ……28 3.3.5 磷 脂 分 子 C 13一P8 矢 量 与磷 脂 双 层膜 表面 法 线 方 向的夹 角 分 布 ……29 3.3.6 p 桶 质心相对 POPG 双层膜 质心位 置 随 时 间变化 ……32 3.3.7 p 桶 二 级 结构 分 析 ……33 3.4 结论 ……35 致谢 ……”……37 攻读 硕 士阶段参加 的学术会 议与论文发表情况 ……………38 参考 文 献 一……39 摘 要 阿兹海 默症 (A lzheim er’5 disease ，A o )，俗 称 老年痴 呆症 ，2006 年 全 世 界 已 经 有 2.66 千 万 的患者 ，2050 年每 85 个 人 中将 有 1 名 患者 ，严 重 影 响着 人们 的健 康 。实验上 发现 阿兹 海 默 症 、路 易体痴 呆 ，包 涵 体肌 炎等疾病 都 与纤 维状 蛋 白沉 淀有密切关系 ，其 中与阿兹海 默症相关 的淀粉 纤维状沉淀单体是 A 日多肤 片段 。 因此 目前对 阿兹海默症 的致病机理研 究主要集 中于 A p 多肤 片段 的聚集和 A p 多 肤 片段 与细胞 内其 他物质 的相互作用 。 A 队5一35 片段在 A 。病 人脑部 从全长 A p 蛋 白水解得 到 ，它 具有全长 A p 片段 的神 经 毒性 。对 于 A p25一35 片段 的毒 性 原 因 已有 研 究表 明与之在膜表 面 形 成 的离 子 通 道 有 关 ，而 且 有 研 究提 出通 道 的可 能结构 是 由 A 日25一35 片段在膜 里 面 聚集 成 的 p 桶 。然 而 ，原子 细节 的 p 桶 结构和 它对 脂 质 双 分子层 的有序度 的破 坏 作 用还 有 待 研 究 。 本文用 分子动 力 学模 拟 方法对 A p25一35 片段与 带 负 电的PO PG 双 层膜 的相互 作用进 行 了研 究 ，构造 了两种 不 同的桶状寡 聚