[自然科学]高级生化研究生课程-蛋白质部分2011.pdf

蛋 白 质 郭红祥 生命科学学院 v蛋白质的结构 v蛋白质结构与功能的关系 v蛋白质合成抑制剂 v蛋白质合成后加工 v蛋白质构象的形成 v蛋白质的运输 v蛋白质的降解 v蛋白质间的相互作用 v蛋白质与核酸的相互作用 一.蛋白质的结构 1.蛋白质的基本组成单位氨基酸 一.蛋白质的结构 2. 蛋白质立体结构的原则 肽键：是由一个AA 的α-羧基与另一个AA 的α-氨基缩合 脱水而形成的酰胺键。 酰胺平面： 原则上两个相邻的平面可以任意 旋转，但事实上由于原子间的空 间障碍以及氨基酸侧链基团的相 互干扰使二面角限制在一定的范 围内，从而形成了多肽链本身折 叠和盘绕的几种方式，比如α-螺 旋、 β-折叠、 β-转角等。 蛋白质的氨基酸序列中包含了形成特定天然构象所需要的 信息，称为蛋白质卷曲密码或立体化学密码，至今尚未完 全破译。 性 变 － － 验 实 性 复 3. 蛋白质结构的层次性 一级结构 二级结构 超二级结构 结构域 三级结构 四级结构 v 一级结构： 定义：一级结构是指组成蛋白质肽链中的氨 基酸排列顺序。 蛋白质一级结构举例 蛋白质一级结构测定 蛋白质测序方法与技术进展 蛋白质测序方法与技术进展 传统Edman化学降解测序法是一种可靠有效的方法，但 存在一些局限性：不能测定N-端环化、封闭的蛋白质；被 修饰的蛋白质不能准确给出信息；蛋白质或多肽纯度要求 在95% 以上。 （1）Edman降解试剂和方法改进 4-N,N-二甲基氨基偶氮苯-异硫氰酸酯 （DABITC）/异硫 氰酸苯酯 （PITC ）双偶合法：易于鉴定和提高检测灵敏 度，可将测定精度提高1-2个数量级。 同位素标记法：可用于10-12mol的肽测序。 （2 ）序列仪的改进与创新 液相序列仪 20-40个AA/次 固相序列仪 （采用PVDF膜） 60个AA/次 气相序列仪 样品用量仅为5pmol （3 ）质谱法在测序中的应用 质谱/气相色谱联用仪自动化，缩短测序时间 （几秒 内测定10个氨基酸） 串联质谱的应用，是对传统Edman降解法的一个很 好的补充。 （4 ）核酸测序与蛋白质测序有机结合，相互验证。 目前广泛采用的快速方法是从核酸(DNA)顺序推测蛋白 质顺序,因在短期内可测数千个核苷酸顺序,从DNA的三联密 码能准确推测出蛋白质的氨基酸