虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其PCRrDGGE-江苏农业科学.PDFVIP

江苏农业科学　２０１４年第４２卷第９期 — ４３— 张　，李德茂，周雨霞．虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其ＰＣＲ－ＤＧＧＥ图谱分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１４，４２（９）：４３－４５． 虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成 及其 ＰＣＲ－ＤＧＧＥ图谱分析 １，２ ２ １ 张　 ，李德茂 ，周雨霞 （１．内蒙古农业大学兽医学院，内蒙古呼和浩特０１００１８２； ２．中国科学院天津工业生物技术研究所工业系统与过程工程重点实验室，天津３００３０８） 　　摘要：利用细菌１６ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＤＧＧＥ指纹图谱技术，对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析，结 果表明：海胆小肠与大肠样品分别得到１４条与１３条条带，其中，共有条带为１０条，优势条带分别为７条与５条，特异 性条带分别为４条与３条；经后续条带比较分析和ＤＧＧＥ图谱割胶测序后发现，小肠与大肠样品中微生物主要来源于 外界海水环境，其菌群构成存在差异与虾夷马粪海胆消化巨藻存在不同有关。 　　关键词：虾夷马粪海胆；肠道；１６ＳｒＤＮＡ；ＰＣＲ－ＤＧＧＥ指纹图谱 　　中图分类号：Ｓ９１７．１　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１４）０９－００４３－０２ 　　近年来，随着化石燃料资源日趋减少及空气污染问题逐 上用７０％乙醇清洗海胆表面３次；使用无菌剪刀由海胆排泄 渐加重，可再生能源已成为世界研究热点。藻类具有资源丰 孔方向环形剪开，用手术刀轻轻剥离海胆性腺与内脏，将肠道 ［１］ 富、生长迅速等优势，是一种重要的潜在生物质能源资源 ； 完全剥离到无菌的工作盘中并清楚分段；取小肠液与大肠中 ［２］ 但是，藻类细胞壁结构复杂且难以降解 ，大大阻碍了藻类 的食物残渣，装入２ｍＬ无菌离心管中备用。 ［３］ 胞内生物能向化学能的转变 ，因此生产中迫切需要一种成 １．３　肠道ＤＮＡ的提取 本低廉且高效降解巨藻的方法。虾夷马粪海胆（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｃｅｎ 使用ＴＩＡＮａｍｐＳｔｏｏｌＤＮＡＫｉｔ提取海胆大肠微生物ＤＮＡ。 ｔｙｏｔｕｓｉｎｔｅｒｎｅｄｉｕｓ）喜食藻类，可利用肠道微生物水解酶来水解 １．４　１６ＳｒＤＮＡＶ３区的扩增 结构致密且多层的藻类细胞壁，达到释放藻类细胞内容物并吸 以提取的海胆大肠微生物 ＤＮＡ为模版，进行 １６ＳｒＤＮＡ ［４］ 收营养物质的目的 ，这类生物降解一般需要多种微生物协同 Ｖ３区的扩增，ＰＣＲ体系：引物３５７Ｆ－ＧＣ－ｃｌａｍｐ（５′－ＣＧＣ 完成，绝非一个简单过程。虾夷马粪海胆肠道结构复杂，紧贴 ＣＣＧＣＣＧＣＧＣＣＣＣＧＣＧＣＣＣＧＧＣＣＣＧＣＣＧＣＣＣＣＣＧＣＣＣＣＣＣＴＡＣ 于体腔壁难以剥离，因此关于其肠道中微生物构成及功能的研 ＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧ－３′）、５１８Ｒ（５′－ＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＧ－ ［５］ 究甚少 。本试验采用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术，以１６ＳｒＤＮＡ作为 ３′）各 １ Ｌ，依次加入浓度为 ２５ ｍｏｌ／Ｌ的 ｄＮＴＰ５ Ｌ、 μ μ μ μ ２＋ 分子标记，对海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析，探究 ５×ｂｕｆｆｅｒ１０ Ｌ、１ｍｍｏｌ／Ｌ的Ｍｇ ３ Ｌ、Ｔａｑ酶０．５ Ｌ，并