计算机模拟三氯生对FabI活性口袋及Loop区的调控-IngentaConnect.PDFVIP

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) March Acta Phys. -Chim. Sin. 2014, 30 (3), 559-568 559 [Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201401132 计算机模拟三氯生对FabI 活性口袋及Loop 区的调控机制 艾义新 卢俊瑞* 辛春伟 穆江蓓 杨旭芸 张 贺 (天津理工大学化学化工学院, 天津300384) 摘要: 应用分子动力学模拟、蛋白质二级结构定义(DSSP)和口袋体积测量(POVME)计算方法分别研究了 + + FabI (烯脂酰-ACP 还原酶)-NAD (氧化型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)二元复合物和FabI-NAD -TCL(三氯生)三元 复合物体系中活性口袋loop 区构象、loop 区二级结构、活性口袋体积以及底物(酰基不饱和链)通道随模拟时间 + 的变化规律. 研究表明, 在FabI-NAD -TCL 三元复合物中, 三氯生限制了活性口袋及底物通道的变化, 活性口 袋loop 区呈现为规则、闭合的稳定构象, 位于活性口袋正前方, 常伴有螺旋二级结构的形成, 从而使活性口袋体 + 积变化较小、分布比较集中, 底物通道较窄或处于关闭状态. 而在FabI-NAD 二元复合物中, 活性口袋loop 区以 无规则、开启的柔性构象存在, 活性口袋体积变化较大, 分布比较分散, 底物通道明显较宽且不稳定. 可见, 三氯 生能诱导FabI 活性口袋及loop 区的构象变化, 使活性口袋构成了紧密的统一体、封闭了底物通道, 从而阻碍了 酰基不饱和链通过底物通道进入蛋白酶的催化中心, 中断了该酶催化的还原反应和细菌脂肪酸合成循环. 上述 发现对深入认识三氯生的抗菌作用机制及相关药物的改良与设计具有重要的指导意义. 关键词: 分子动力学模拟; 三氯生; FabI 活性口袋; Loop 区; 调控机制 中图分类号: O641 Simulated Mechanism of Triclosan in Modulating the Active Site and Loop of FabI by Computer AI Yi-Xin LU Jun-Rui* XIN Chun-Wei MU Jiang-Bei YANG Xu-Yun ZHANG He (School of Chemistry and Chemical Engineering, Tianjin University of Technology, Tianjin 300384, P. R. China) Abstract: The impact of conformation of the active site loop, secondary structure, active site volume, and substrate (unsaturated