[理学]第三章-2D构型图-ISIS使用.ppt

第三章、计算机图形化技术在 化学中的应用 选择整个分子 选择了N原子以及两根 C—C键 放大、缩小操作 通过调整四周选择区域进行目标放大、缩小、拉伸以及压缩等操作 旋转操作 二维旋转 三维旋转 目标属性编辑操作 选择目标后，点击鼠标右键来修改目标属性 原子属性控制 同位素 电荷 自由基 字体设置 H原子位置 编号 编号显示位置 化学键属性控制 键类型 键长 线条颜色 线条粗细 拓扑结构 线条属性控制 线型 线条粗细 线条颜色 线的箭头 多边形(圆形)属性控制 边框线形 填充方式 填充颜色 透明 不透明 边框颜色 边框粗细 (3) 简单分子结构的绘制 丹参醌 绘制过程： 选择合适模板，建立构型框架 利用化学键选择按钮增加侧链取代基 选择化学键，修改键的类型 选择原子，修改原子类型 运行Chem Inspector检查分子结构式的正确性(可选) 调整键长和键角，Object菜单下的Clean molecule选项(可选) 旋转分子，使之处于合适角度 说明的是：根据约定，分子结构中的碳和氢原子一般不需要显示；官能团输入时脚标是自动生成的。 一、化学结构的图形化 化学家采用化合物结构图（结构式）作为常用表述语言： 在化学物质结构图形面前，各国的化学家不存在语言表述障碍； 目前人类发现的化学物质已经超过2300万种以上，用语言描述分子都有可能发生混淆的可能(例如同分异构体)，采用构型图可以更好地反映化合物结构和性质上的差异。 W3O7团簇的三种异构体: (a) (b) (c) (a)：+4、+4、+6 (b)：+5、+5、+4 (c)：+5、+3、+6 化合物构型图形化软件的要求如下： 能够通过常规输入工具，如鼠标和键盘，在计算机屏幕上简单、快速地建立复杂的分子结构图； 建立的结构图应符合化学规则和人们使用习惯； 建立的分子结构图应该丰富全面； 建立的分子结构图应该能够通过比较方便的方式转入或插入其它种类的应用软件； 化合物结构图形化软件分类： 用于结构示意图绘制(一般用于二维构型图) 例如ChemWin、ChemSketch、ISIS/Draw、 ChemDraw 等 用于构型的精确图形化(3D) 例如Chem3D、WebLab Viewer、Jmol等 多数情况下是数个作图软件一起使用 WebLab Viewer+ISIS/Draw (J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 22462) Origin+ISIS/Draw + WebLab Viewer (J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 22462) Origin+ISIS/Draw+ WebLab Viewer (J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 15454) 二、ISIS/Draw化学作图软件 1. 软件简介 ISIS/Draw是由美国MDL Information Systems Inc公司1991年开始开发的软件。主要用于绘制各种分子结构式、反应方程式及化工流程图等。目前最新版是2.5版(2003年)，可以从公司网站/downloads/注册后免费下载。软件安装遵循通常Window程序安装方法。 2. 软件主要特点 操作界面简洁方便 几乎所有的作图功能都以工具按钮的形式分布在作图区的上方和左侧。作图时只需用鼠标单击所需的图形工具按钮,然后在作图区再次单击鼠标左键即可获得所需的图形。 作图区 工具按钮区 模板内容丰富 提供有23 张模板页，270 种模板结构，包含内容小至各种官能团、分子组件、电荷符号,大至复杂的杂环、糖类、冠醚、轨道图形,以及各种绘制化学反应式所需的箭头及反应条件标注等。 图形编辑功能强 可对分子结构图形进行组合或分块处理，支持图文混排。可对分子整体或局部进行放大、缩小、旋转等操作 放大 旋转 具有一定的计算和检测功能 对于复杂的有机化合物，可以快捷地计算其摩尔质量。对于给定的化学反应, 还可以给出该反应的原料及产物的理论摩尔比，并具有构型检测功能 可将二维图转化为三维图 利用所附带的RasMol程序,可将平面结构式图形转换为三维立体图形，但功能较弱 支持多窗口工作 支持多窗口操作,可同时运行多个文档,并可在各个窗口间切换，这一功能与Windows 本身具有剪切、复制功能相结合可给作图带来极大的方便 兼容性好 与多数Windows应用软件具有良好的兼容性，所绘制图形和反应式可通过剪贴板或以图形的形式插入到Word、WPS文档中，便于化学论文的书写 3. 软件主要使用方法 (1) 操作界面 菜单条