[经济学]复旦研究生-2010-5.ppt

分子进化基础 Cambridge University Library “As far as is known, synonymous mutations are truly neutral with respect to natural selection.” DNA序列突变 DNA 序列进化 序列间的核苷酸差异 比较序列间核苷酸的差异，差异越少，分歧时间越短 仅有4种可能的状态 (A,C,T,G) 同一祖先序列衍生的两条后裔序列间分歧的简单测度就是两条后裔序列不同核苷酸位点的比例 DNA置换模型的必要性 必须准确和无偏见地估计分歧度和速率 数学模型可以考虑回复和平行突变等情况，尤其是在p值较大时 Jukes - Cantor 单参数模型 最简单的DNA序列进化模型 假设任一位点的核苷酸置换概率相同, 仅有一个参数，即一个核苷酸变为另一个核苷酸的概率为?；一个核苷酸变为其他任何一个核苷酸的概率为3? 一个单位时间后： A演变为3种其他任何一种核苷酸的概率为γ＝3? A保持不变的概率为A = 1-3? Kimura双参数模型 两类核苷酸 嘌呤: A, G 嘧啶: C, T 转换（Transitions） : 相似置换 颠换（Transversions）: 嘌呤被嘧啶置换，反之亦然 在实际数据中，转换置换的速率常高于颠换的速率 转换 = ? 颠换 = ? 核苷酸置换模型 Jukes – Cantor 单参数模型 Kimura 双参数模型 Equal－input模型 Tamura模型 HKY模型 …... MEGA 序列分歧较小时, 两个模型的结果基本相同 序列分歧较大时，双参数模型更为准确 (尤其是当转换概率明显高于颠换概率时) 氨基酸置换矩阵 用序列相似的一组蛋白质的对位排列来确定单步氨基酸变化，以此来预测进化过程中大部分可能的氨基酸变化。该方法由Dayhoff (1978) 建立 较为成熟的有：Dayoff和Blosum计分矩阵 同义置换与非同义置换 同义: Sequence 1: UUU CAU CGU Sequence 2: UUU CAC CGU Coded Amino Acids: Phe His Arg Ka/Ks 检验的两类方法 基于Maximum Parsimony原理的近似方法 Nei and Gojobori 为代表 (MEGA) 基于Maximum Likelihood原理 Ziheng Yang为代表 (PAML) 对基因的选择 ‘Housekeeping Genes’. Negative (Purifying) selection. Change is Bad. Genes that have a role in adaption. Positive (Adaptive) selection. Change is Good. Selectively neutral genes Genetic drift. 树的数量 # sequences # unrooted trees # rooted trees 2 1 1 3 1 3 4 3 15 5 15 105 6 105 945 7 945 10,395 8 10,395 135,135 9 135,135 2,027,025 10 2,027,025 34,459,425 基因复制与丧失 直系同源与并系同源 非同义: Sequence 1: UUU CAU CGU Sequence 2: UUU CAG CGU Coded Amino Acids: Phe His Arg Gln KA: nonsynonymous substitution (非同义置换) KS: synonymous substitution (同义置换) 1 Positive selection (正选择) KA / KS =1 Neutral evolution (中性进化) 1 Negative selection (负选择) 适应性/选择性检测 PAML by Ziheng Yang 哪些基因容易检测到正选择 Genes involved in defensive systems or immunity Gen