蛋白质组数据格式.pptxVIP

蛋白质组数据格式 六组：亓慧敏 王潇 刘慧芳 杨忠蛋白质一级结构 在每种蛋白质中，多肽链中氨基酸的排列顺序,包括二硫键的位置，我们称为蛋白质一级结构。 与蛋白质一级结构相关的数据格式：FASTA、GenPept、GFF等FASTA格式：描述信息标识符GenPept格式：描述信息序列条目的关键字包括LOCUS (代码)，DEFINITION (说明)，ACCESSION (编号)，NID符(标识符)，KEYWORDS (关键词)，SOURCE (数据来源)，REFERENCE (文献)，FEATURES (特性表)，BASE COUNT (氨基酸组成)及ORIGIN (氨基酸排列顺序)等。GFF格式：注释信息描述来源编号蛋白质二级结构 蛋白质二级结构指多肽链中有规则重复的构象，限于主链原子的局部空间排列。 与蛋白质二级结构相关的文件格式：Dssp、CNS等Dssp格式：二级结构H = alpha helix B = residue in isolated beta-bridge E = extended strand, participates in beta ladder G = 3-helix (3/10 helix) I = 5 helix (pi helix) T = hydrogen bonded turn S = bend Blank = l