首先你的电脑里要有Linux系统然后安装LAMMPS必须的程序软件.PDFVIP

首先你的电脑里要有 Linux 系统,然后安装 LAMMPS 必须的程序软件,LAMMPS 是用 C++ 语言开发的,所以你一定要安装 C/C++ 语言的编译器,我用的是 gcc 和 g++,LAMMPS 的部分库函数是用 Fortran 语言编写的,我用 gfortran 来编译这部分 代码。当然还有很多其他版本的编译器,可以根据实际环境来做选择。LAMMPS 还 需要 MPI 并行计算环境,我安装了 openmpi,还有快速傅立叶变换的库函数 fftw,以 及处理线性代数问题的 lapack。如何安装这些软件就不在这个小册子里面赘述了,网 上有很多现成的指南可供参考。 其实 LAMMPS 已经为流行的 Linux 发行版准备了预编译的软件包,这里以 Ubuntu 14.04(也可用于 LinuxMint17)为例,我们只需要几行命令就可以在自己拥有管理 员权限的电脑里安装 LAMMPS: 首先,打开命令行终端,添加 LAMMPS 的软件源,执行如下命令: sudoadd-apt-repositoryppa:gladky-anto 然后,更新系统: sudoapt-getupdate 最后,安装 LAMMPS sudoapt-getinstalllammps-daily 大功告成,是不是很简单? 但是这种方法仅限于你拥有这台电脑的管理员权限的前 提下,一般的服务器都是由专门的人员来负责维护的,普通用户不具有管理员的权限, 这种方法就行不通了。我们只能通过编译 LAMMPS 的源代码来实现安装过程。 1. 从 /download.html 下载 LAMMPS 最新的安装包,我 们就以 lammps-10Feb15 这一版本为例来解释一下安装过程。 2. 解压缩 tar-zxvflammps-xxx.tar.gz,其中 xxx 是 LAMMPS 的版本号,根据实 际情况修改。在这里 xxx 为 10Feb15。 3. 接下来编译 LAMMPS 的库文件,我这里根据我自己的需求,选择编译了部分库 文件 * 编译 awpmd 顺序执行下列命令: cdlammps-10Feb15/lib/awpmd make-fMakefile.mpicc cpMakefile.lammps.linalgMakefile.lammps 编译成功之后会见到 libawpmd.a 文件。 * 编译 colvars 顺序执行下列命令: cd../colvars make-fMakefile.g++ 编译成功之后会见到 libcolvars.a 文件。 * 编译 linalg 顺序执行下列命令: cd../linalg make-fMakefile.gfortran 编译成功之后会见到 liblinalg.a 文件。 * 编译 meam 顺序执行下列命令: cd../meam make-fMakefile.gfortran 编译成功之后会见到 libmeam.a 文件。 * 编译 poems 顺序执行下列命令: cd../poems make-fMakefile.g++ 编译成功之后会见到 libpoems.a 文件。 * 编译 reax 顺序执行下列命令: cd../reax make-fMakefile.gfortran 编译成功之后会见到 libreax.a.a 文件。 在编译完 LAMMPS 的库函数之后,接下来就是要编译 LAMMPS 的主程 序了,使用 cd 命令退出 lib 目录,进入到 src 目录里 cd../../src LAMMPS 是通过各个模块来实现分子动力学模拟里面不同的功能的,但每 一个具体的任务并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我们可以选择安 装一些常用的模块,等遇到特别的需求时再来安装额外的模块。每一个模 块实现的具体功能,也通过查阅 LAMMPS 使用手册来获知。 在 src 目录下运行 makeyes-all 这个命令告诉电脑,我要准备安装所有的模块了,然后再用排除法,告诉电 脑,哪些模块是不要安装的,比如我一般用不到 user-atc 模块,那么就 makeno-user-atc 我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi,user-qmmm,gpu,user-cuda, 当然, 我用不到不代表你们用不到,要根据实际情况来判断。 makeno-kim makeno-kokkos makeno-voronoi makeno-user-qmmm makeno-gpu makeno-user-cuda 这一步做完之后,进入 src 目录下的子文件夹 MAK