[化学]OLEX使用小结.pptVIP

保存文件----res 把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。 原子坐标添加方法如下，完毕后保存。 用OLEX打开保存的res文件 修改分子间距，使添加的两个原子连接起来 结果如下图所示，通过改变原子和键的大小，得到合适的比例 结果保存为cry和jpg格式 如何添加通道？ 方法与添加螺旋轴类似 记录添加原子坐标—保存为res格式 把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。 为了使构筑通道，我们必须添加多个原子，通过添加更多的均一的原子坐标，方法与前面类似，再调节原子大小，得到所需的图片。 OLEX软件 使用小结 一般文件 cif, res, cry 的打开方法 mercury, OLEX, xp，wingx（ Platon)等软件 用途一 OLEX软件 进行拓扑分析 打开res文件的软件 mercury, OLEX, xp，wingx 要使整个结构进一步拓展的话， 游离的客体分子可以删去， 删减原子一定要在BS状态下。 根据a,b,c 的轴长选择合适的数字 再点Fragments按钮下拉框,选generate钮,出现如上图 勾上’link change’—A from 最后边一个数可以选大点(如3or 4) 也可以选上’remove hydrogens’----OK 再点network------construct net出现如上图 再点structure------hide bond出现如上图 对软件得到的初步分析进行进一步化简。 进行拓扑分析时，要注意把给出的拓扑图不必要的键删除，使简化合理。 点击Evulate Topology。 建立一个新的文本文档或者Word文档，点击右键粘贴。 得到如上图所示的文件。 对于有穿插结构拓扑图都出来了, 几重穿插呢??? 再点’show structure navigator(像一本摊开的书的形状的那个按钮)—再看框里头atoms:之后的数字,如果数字相近且都很大的,就都选上,数字小的不要选,选上几个就说明有几重穿插) 从结构里先选一个键—再点fragments---properties---出现上图;再monochromatic处选一种自己喜欢的颜色 除了原来的红色还有粉红色的了-----再从没有选过的键中再选一个键,如上方法,给其选另一种颜色 从上图中可以看出有三种颜色,就知道是三重穿插了。 对原子标注的修改方法 所得文件的保存类型 （类型一软件打开模式： cry，res 等 ） （类型二图形文件： jpg，bmp等） 文件保存类型（cry，res，ins） 文件输出类型（jpg，Bmp等） 用途二 OLEX软件 画螺旋轴及通道 示意图 沿不同的轴向选择合适的片段 沿不同的轴向选择合适的片段 画图重点---添加中心—记录中心原子坐标---转180,方法相同 双击添加的中心原子，进行命名。不要与文件中原子重名。