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GenBank数据库检索及其应用x.3
GenBank记录中特性表中的主要关键词: SCI收录期刊的论文写作技巧及投稿指南主讲人:钟 萍 获取药学信息的途径与方法 主讲人:肖廷超 * * Genbank 格式: Genbank 格式: Genbank 格式: Genbank 格式: Genbank 格式: 增强子 enhancer 无法用信号特性关键词描述的信号序列 misc_signal RNA转录本的剪切识别位点 polyA_signal 已识别为基因或已命名的序列区域 gene 核糖体结合位点 RBS 修饰过的核苷酸 modified_base 真核启动子的GC盒 GC_signal 包含稳定突变的序列 variation 原核启动子的Pribow盒 -10_signal 该序列对以前的版本做过修订 old_sequence 原核启动子中的-35框 -35_signal 序列不能确定的区域 unsure 真核启动子的TATA盒 TATA_signal 同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异 conflict 真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相关 CAAT_signal 序列特性无法用特性表关键词描述的序列 misc_difference 转录起始区 promoter 生物学特性无法用特性表关键词描述的序列 misc_feature 解 释 关键词 解 释 关键词 加工和修饰rRNA的小核RNA snoRNA 3’非翻译区 外显子 3’UTR exon 小核RNA snRNA 5’非翻译区 5’UTR 解 释 关键词 解 释 关键词 小细胞质RNA scRNA 前体转录本中被剪切掉的3’端序列 3’ clip 转运RNA tRNA 前体转录本中被剪切掉的5’端序列 5’clip 核糖体RNA rRNA 信使RNA mRNA RNA转录本的多聚腺苷酸化位点 polyA_site 前体RNA precursor_RNA 内含子 intron 初始转录本 prim_transcript 编码成熟肽的序列 mat_peptide 无法用RNA关键词描述的转录物或RNA产物 misc_RNA 转运蛋白编码序列 transit_peptide 双链DNA复制起始区 rep_origin 编码信号肽的序列 sig_peptide 转录终止序列 terminator 蛋白质编码序列 CDS 与转录终止有关的序列 attenuator 通过重组所消除的DNA iDNA 基因组中所包含的重复序列 repeat_region 无法用重组特性关键词描述的重组事件 misc_recomb 编码免疫球蛋白的可变区的序列 V_ segment 测序标签位点 STS 编码免疫球蛋白的可变区N末端的序列 V_ region 蛋白质结合区 protein_bind 免疫球蛋白重链的开关区 S_ region 复制、转录的引物结合位点 primer_bind 插入重排免疫球蛋白片段间的核苷酸 N_ region 无法描述的核酸序列结合位点 misc_binding 免疫球蛋白重链、轻链以及T细胞α、β、γ的结合链 J_ segment 卫星重复序列 Satellite 免疫球蛋白重链的可变区, T细胞受体β链 D_segment 长末端重复序列 LTR 免疫相关蛋白上的不变区 C_region 单个的重复元件 repeat_unit immunoglobulin_related 解 释 关键词 解 释 关键词 线粒体中DNA中的取代环 D_loop 发夹结构 stem_loop 无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型 misc_structure 解 释 关键词 解 释 关键词 GenBank记录中特性表中的限定词: 其他数据库信息的交叉索引号 /db_xref= 获得序列的细胞类型 /cell_type= DNA复制方向 /direction= 已被引用的参考文献数 /citation= 序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种 /environmental_sample= 获得序列的克隆文库 /clone_lib= DNA样本的来源国 /country= 嵌合范围 /bound_moiety= 相对于序列第一个碱基,编码序列密码子的偏移量 /codon_start= 给定基因的等位基因 /allele= 含 义 限定词 含 义 限定词 序列产物的酶学编号 /EC_number= 获得序列的细胞器 /organelle= 指出与参考密码子不同的密码子 /codon= 评论及附加信息 /note= 序列编码产物的名称 /product= 如果序列是DNA并来源于免疫球蛋白家族,则表示该序列来源于未重排DNA /germline tRNA反义密码子的位置
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