R与进化生态学——系统发育比较分析概述.PDF

第四届中国R语言会议报告 R 与进化生态学 —— 系统发育比较分析概述 张金龙 jinlongzhang01@ 报告内容 • 什么是系统发育比较分析？ • 进化树的建立 • 祖先状态重建 • 物种分化速率随时间的变化 • 群落系统发育与物种共存 • 生态位进化 2 报告内容 • 什么是系统发育比较分析？ • 进化树的建立 • 祖先状态重建 • 物种分化速率随时间的变化 • 群落系统发育与物种共存 • 生态位进化 3 什么是系统发育比较分析？ • 系统发育比较分析是研究物种的性状和适应性在进化过程中变化规律 的一系列分析方法，是进化生物学、生态学、统计学和计算机科学的 交叉领域。 • 需要的数据: 进化树，物种性状或者分布资料， • 分析过程: 建立模型，进行统计检验， • 软件平台: Mesquite和R 。 • 最新的模型和统计方法几乎都是在R 中实现的。 4 问题一性状的进化模型 • 耧斗菜性状的进化过 程，距的长度在进化 历史中如何变化？ • 与授粉者的协同进化 关系经历过怎样的变 化？ 5 问题二 达尔文地雀 加拉帕格斯群岛的达尔文地雀是从同一种进化而来，其喙的形态各不 相同，已知当前各个种的食性，那么它们的祖先喙应该是什么形状？ 是在什么时间，如何分化而来的？各个种的祖先食性如何？ 6 进化生态学一些理论问题 （1）为什么有些类群物种数比其他类群多/少？ 类群均匀性度量 apTreeshape （2 ）物种性状是如何进化的，各性状的稳定性及进化速率是否相 同？ 重建祖先状态ape （3 ）物种形成和灭绝速率是否会随时间变化？ 随机生灭过程与蒙特卡罗检验Yule model/Ornstein-Uhlenbeck模型Ouch, ape, laser, geiger （4 ）物种性状之间在进化过程中是否存在关联? 系统发育独立差Phylogenetic independent contrast (PIC) ape, picante 7 进化生态学一些理论问题 （6 ）当前物种的分布从性状的适应性上如何解释？ 系统发育气候分布模型与性状的统一性phyloclim （7 ）在考虑进化历史时进化信息的积累及其可能解释？ 系统发