chip-seq产品演示.pptVIP

ChIP-seq 什么是ChIP-seq ChIP-seq：Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，染色质免疫共沉淀高通量测序。是染色质免疫共沉淀技术结合高通量测序。 ChIP：也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。很多ChIP方法也用于转录抑制因子和其他DNA结合蛋白的研究的研究。在表观遗传学和医学里有着广泛应用。 Sequencing:ChIP方法富集的DNA通常使用illumina或者solid测序，通常是pair end测序。 ChIP-seq是表观遗传学研究的一个强有力工具。 ChIP-seq与表观遗传学 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达了可遗传的变化的一门遗传学分支学科。组蛋白甲基化修饰是表观遗传学研究的热点，不同的组蛋白甲基化有着不同的功能，通过免疫共沉淀，富集该种甲基化修饰的组蛋白所结合的DNA片段对其进行测序研究；CpG岛的甲基化水平也会决定转录因子的结合水平，同样可通过ChIP富集进行研究。 ChIP-seq的IP过程 对于ChIP实验，一定需要有相应蛋白的抗体，并且抗体需要达到IP级别。在IP的时候，我们使用甲醛交联，由于甲醛是一种很强的交联试剂，因此为保证计算出正确的蛋白特异性结合位置，我们在做ChIP-seq的时候需要使用control。 ChIP-seq的control 在ChIP-seq项目中，通常使用IGG和input两种control结合，以去除背景，确保之后的peak分析得到的peak是蛋白特异结合而不是因为甲醛交联或者抗体非特异性结合等情况所产生。 ChIP-seq应用类型 ChIP-seq与转录因子； ChIP-seq与组蛋白修饰； ChIP-seq与其他DNA结合蛋白； ChIP-seq与转录因子 转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上有特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。 转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与基因模板链结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22%的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5端。 ChIP-seq与转录因子 对于转录因子的ChIP-seq分析。我们获取转录因子结合的位点，对于一个样品，我们看结合位点所在区域分布、与已有的表观遗传学标记之间的关系；对于多个样品在不同样品之间进行特异调控的基因(Differentially regulated gene，DRE)分析，得到样品见的差异，从而关联科学问题。 ChIP-seq与组蛋白修饰 组蛋白：组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中,四种组蛋白(H2A、H2B、H3、H4)氨基酸序列都非常相似,如海胆组织H3的氨基酸序列与来自小牛胸腺的H3的氨基酸序列间只有一个氨基酸的差异,小牛胸腺的H3的氨基酸序列与豌豆的H3也只有4个氨基酸不同。不同生物的H1序列变化较大,在某些组织中,H1被特殊的组蛋白所取代。如成熟的鱼类和鸟类的红细胞中H1则被H5所取代,精细胞中则由精蛋白代替组蛋白。染色质中的组蛋白与DNA的含量之比为1:1。 ChIP-seq与组蛋白修饰 修饰的方式有： ①乙酰化。有两种，一种是H1、H2A、H4组蛋白的氨基末端乙酰化，形成α-乙酰丝氨酸，组蛋白在细胞质内合成后输入细胞核之前发生这一修饰。二是在H2A、H2B、H3、H4的氨基末端区域的某些专一位置形成N6-乙酰赖氨酸。②磷酸化。所有组蛋白的组分均能磷酸化，在细胞分裂期间，H1的1～3个丝氨酸可以磷酸化。而在有丝分裂时期，H1有3～6个丝氨酸或苏氨酸发生磷酸化，其他四个核心组蛋白的磷酸化可以发生在氨基末端区域的丝氨酸残基上。组蛋白的磷酸化可能会改变组蛋白与DNA的结合。 ChIP-seq与组蛋白修饰 ③甲基化。仅发现于H3的9和27位和H4的20位的赖氨酸，鸭红细胞组蛋白H1和H5的组氨酸。 ④ADP-核糖基化。组蛋白H1、H2A、H2B及H3和多聚ADP-核糖的共价结合，ADP-核糖基化被认为是在真核细胞内启动复制过程的扳机。 我们目前仅研究组蛋白甲基化修饰 ChIP-seq与组蛋白修饰 组蛋白被甲基化的位点是赖氨酸和精氨酸.赖氨酸可以分别被一、二、三甲基化,精氨酸只能被一、二甲基化.在组蛋白H3上，共有5个赖氨酸位点可以被甲基化修饰.一般来说,组蛋白H3K4的甲基化主要聚集在活跃转录的启动子区域.