PRM靶向定量平行反应监测介绍.pdf

上海易算生物科技有限公司 PRM 靶向定量 平行反应监测介绍 marketing@ 目录 1. PRM 介绍 2 2. PRM 实验流程 2 3. PRM 实验应用 3 4. PRM 实验报价 3 1 1. PRM 介绍 基于高效液相色谱的鸟枪法蛋白组学（LC-MS/MS ）具有强大的蛋白定性能力，但是在蛋白定量上，其灵敏度仍待提高。 而近来兴起的靶向蛋白组学技术，在蛋白定量上灵敏度更佳，重现性更好。如果鸟枪法蛋白组学是对样品进行大规模的盲筛， 那么靶向蛋白组学就是有针对性的对一组已知的感兴趣蛋白，进行高质量的靶向定量。 SRM （选择反应监测，也称为MRM ）是靶向蛋白组学的金标准，而它的衍生技术，PRM （平行反应监测）则在最近刚 刚兴起。PRM 技术依赖于高质量精度/高分辨率的质谱仪，因此其靶向定量的结果与 SRM 相比而言，选择性更高，灵敏度更 佳，重现性更好，在复杂背景中的抗干扰能力更强。在实际操作方面，PRM 比 SRM 更简单，成本更低，主要表现在：1 ）不 需要预先设计靶向蛋白的母离子/子离子配对信息，节约实验设计和操作时间；2 ）可根据需要选择是否加入合成的标准肽段， 可在很大程度上节约实验成本。在应用方面，PRM 可替代传统的 Western blot 技术，一方面，使蛋白验证不再受制于商业 化抗体，可以应用于多种非模式生物，另一方面，是抗体验证能够高通量的在大规模生物样本上进行，提高实验效率。 2. PRM 实验流程 1. 获得已知的感兴趣蛋白序列信息，挑选合适的靶向肽段（推荐 3 个以上不同肽段）。肽段信息推荐从 shotgun 实验中获 得，也可以从理论序列中挑选肽段，但需要额外预实验验证。如有 shotgun 鉴定信息，靶向肽段尽量选择得分及强度较 高的。 2. 制备样品的肽段混合物，可根据靶向蛋白的丰度情况，事先对样品进行富集（具体过程与鸟枪法实验一致），但靶向监测 的样品不推荐进行fraction。 3. 根据挑选的靶向肽段信息，进行预实验，调整流出时间，或者重新挑选靶向肽段。 4. 对正式样品进行 PRM 监测。 5. 数据分析。 2 实验流程 3. PRM 实验应用 复杂样品定量约 2 小时梯度，可最多同时鉴定 100 多种蛋白，一般推荐验证 50 种蛋白以内。 4. PRM 实验报价 PRM 实验报价由方法建立、正式样品检测、数据分析等部分组成，欢迎垂询，我们的技术及销售团队会根据您的需求 和样品给出详细报价。 参考文献 ： 1. Gallien S, Bourmaud A, Kim SY, et al. Technical considerations for large-scale parallel reaction monitoring analysis. J Proteomics. 2014; 100: 147-59. 2. Gallien S, Kim SY, Domon B. Large-Scale Targeted Proteomics Using Internal Standard Triggered-Parallel Reaction Monitoring. Mol Cell Proteomics. 3. Tsuchiya H, Tanaka K, Saeki Y. The parallel reaction monitoring method contributes to a highly sensitive polyubiquitin chain quantification. Biochem Biophys Res Commun. 2013; 436: 223-9. 4. Ronsein GE, Pamir N, vo