2-字符串精确匹配与比对.pptVIP

生物信息学概论讲义 多字符串比对 问题定义 ---- 多序列全局比对 从S的各种比较M中，选出得分最高的一个比对 两序列比对的计分规则例子 Match：+1 Mismatch：-1 Gap：-2 多序列比对的计分规则 生物信息学概论讲义 多字符串比对 问题定义 ---- 多序列局部比对 给定k个字符串S={S1,…,Sk}. 从每个字符串中取一个子串得到S’ ={S’1,…,S’k}. S’的一个全局比对结果 M={S”1,…,S”k}. 则M称为S的一种局部比 对从S的各种局部比对M中，选出得分最高的一个比对 多序列局部比对的计分规则 生物信息学概论讲义 多字符串比对 SP计分规则：SP多序列比对 对于S的一种比对M={S’1,S’2,…,S’k} M中两两比对得分之和 a b c - a a b a b a a c c b - match=1 mismatch=-1 Gap=-2 0 -2 -3 SP=0-2-3=-5 a b c a a b a b a a c c b 生物信息学概论讲义 多字符串比对 SP计分规则：SP多序列比对 计分公式: D(i,j,k) 两两比对计分公式：D(i,j) D(i,j) = max D(i-1,j-1)+t(i,j) D(i,j-1)+Gap D(i-1,j)+Gap 由S1[1..i-1]与S2[1..j-1] 比对结果得到 S1[1..