利用mpprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重pcr效率的试验.pdf

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2010, 37(3): 342~346 利用MPprimer 设计引物并优化扩增条件以提高 多重PCR 效率的实验研究* 1, 2) 1) 1) 1) 2)** 1, 2)** 王稳 屈武斌 申志勇 任长虹 刘虎岐 张成岗 (1) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所，蛋白质组学国家重点实验室，医学神经生物学国家重点实验室，北京100850 ； 2) 西北农林科技大学生命科学学院，杨凌712100) 摘要 多重PCR 技术广泛应用于多个研究领域，其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR 实验效率的关键因素 为探讨优 化多重PCR 实验的方法，以小鼠5 个看家基因为研究对象，使用实验室新近开发的MPprimer 程序设计多重PCR 引物，并 通过改变多种反应条件来优化多重PCR 实验 结果表明，MPprimer 程序能够设计出理想的多重PCR 引物，并且通过对退火 温度及延伸时间进行优化，可显著提高多重PCR 实验效率，对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用 关键词 PCR，多重PCR，引物设计，MPprimer 学科分类号 Q52 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2009.00552 聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR) 本研究以小鼠的5 个看家基因为对象，重点介绍多 技术是目前广为使用的分子生物学技术，并进而衍 重PCR 引物设计程序MPprimer 的使用以及多重 生出多 类型的相关技术，包括差异显示PCR、 PCR 实验中的一些优化方案， 在为提高多重 实时定量PCR 、巢式PCR、多重PCR 和不对称 PCR 效率提供参考依据 [1] PCR 等 ，其中多重PCR(Multiplex PCR)早在1988 1 材料和方法 年就 用来快速检测人杜氏肌营养不良相关基因外 [2] 材料 显子的缺失情况 ，可大幅度提高PCR 效率 同 1 1 时，这 通过在同一PCR 反应体系里提供两对或 清洁级成年雄性C57BL/6J 小鼠(购自军事医学 两对以上引物、能够同时扩增出多个核酸片段的 科学院实验动物中心) PCR 技术以其简便、高效、灵敏的突出优势已 1 2 主要试剂 [3] [4] TRIzol 试剂购自Invitrogen 公司；DEPC 购自 广泛用于动物疫病诊断 、植物病虫害检测 、食 [5] 然而，正是由于 Sigma 公司；DNase 购自Promega 公司；琼脂糖 品病原微生物检测 等研究领域 多重PCR 技术是在反应过程中添加多对引物，必 购 自Genetech 公司；ExTaq 酶、DNA Marker 然会增加引物设计的难度以及针对不同扩增产物的 DL2000 、dNTP Mixture 均为 TaKaRa 公司产品； 最佳退火温度、延伸时间、循环次数等诸多复杂因 反转录试剂盒为ToYoBo 公司产品；水饱和酚购自 素的 “众口难调”而极易导致非特异性扩增反应的 北京博迈德科技发展有限公司；糖原购自上海生物 [6] 发生，从而导致多重PCR 的实用性受到影响 其