[理学]ch5 genome profile-1_2-2010.ppt

Genomics Chapter 5 Genome profile Part I Genome profile of microbe Content Part I Genome profile of microbe Virus prokaryotes Part II Genome profile of eukaryotes Nucleic genome Organelle genome Transposons and dispersed repeats Tandem repeats Chapter 5 Genome profile 5.1 Genome profile of viruses 5.1 Genome profile of virus What is virus? Diversity of virus genome Genome composition Replication strategies Expression strategies Genome variation Virus in human life What is a virus A subcellular parasite with genome of DNA or RNA and which replicates inside the host cell upon which it relies for energy and protein synthesis. 朊病毒（Prion）是具有感染性的蛋白质分子，不含DNA或RNA。 生命边缘的基因组——亚病毒（类病毒和拟病毒）p256 病毒的起源 有生命的地方就有病毒。研究病毒的起源和进化缺乏古老的样品。 病毒的基本特征：能感染活体，在宿主细胞内自我复制，并传播。可导致宿主出现局部变异或死亡或无症状。 病毒可以说就是一袋能自我复制的分子，它究竟是如何起源的呢？ 病毒的起源假说 逆向假说：病毒可能曾经是一些寄生在较大细胞内的小细胞。随着时间的推移，那些在寄生生活中非必需的基因逐渐丢失。 细胞起源假说：一些病毒可能是从较大生物体的基因中“逃离”出来的DNA或RNA进化而来的。 共进化假说：病毒可能进化自蛋白质和核酸复合物，与细胞同时出现在远古地球，并且一直依赖细胞生命生存至今。 病毒生存中的核心问题 如何复制 如何传播 如何感染并逃脱宿主免疫系统攻击 Size of viruses Shape of viruses Virion DNA viruses RNA viruses 巴尔的摩病毒分类法 第一类：双链DNA病毒（如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒） 第二类：单链DNA病毒(+)DNA（如M13噬菌体） 第三类：双链RNA病毒（如轮状病毒） 第四类：(+)单链RNA病毒（如SARS病毒、甲肝病毒） 第五类：(?)单链RNA病毒（如流感病毒） 第六类：单链RNA反转录病毒（如艾滋病毒） 第七类：双链DNA反转录病毒（如肝病毒） Genome of virus Comparison of DNA and RNA virus *Genome profile of virus One kind of nucleic acid—DNA (commonly double strand) or RNA (commonly single strand) The size of virus genomes varies greatly (3×103编码4个蛋白质～1.2 × 106bp编码100个蛋白质). Genome of dsDNA virus is generally bigger than that of RNA virus. (genome of Mimivirus, Science 19 November 2004: Vol. 306. no. 5700, pp. 1344 - 1350) Overlapping gene Generally genes of virus have single copy. Most of the genome are coding sequences. Genome of phage is continuous, while genome of eukaryotic virus is discontinuous (gene with intron). *Genome profile of DNA virus Size: dsDNA genome (herpesvirus, poxvirus etc.) is bigger (120~280kb); ssDNA genome (parvovirus) is smaller (5kb); High cod