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3、结构数据库 （1）PDB (Protein Data Bank) 由 Brookhaven National Laboratories 创办 蛋白质 核酸 碳水化合物 36,344 个结构图（2006.5.2） 可通过 BLAST 系统检索 X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图） 34 1492 1595 33223 Total 0 3 4 69 Other 0 28 9 86 Electron Microscopy Method 6 121 696 4538 NMR Exp. 28 1340 886 28530 X-ray Other Protein/NA Complex Nucleic Acids Protein Type Molecule PDB Content Growth Total Yearly （2）NDB（Nucleic Acid Database） /NDB/ndb.html 核酸的结构 （3）DNA-Binding Protein Database /NDB/structure-finder/dnabind/index.html DNA 结合蛋白质的 X 射线衍射结构图 （4）SWISS-3D IMAGE http://expasy.hcuge.ch/sw3d/ 蛋白质的平面和立体图 来源于实验结果 理论模型 4、酶和代谢数据库 （1）KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 各种代谢、遗传等路径图 可检索参于各种路径的基因 KEGG主页http://www.genome.ad.jp/kegg/点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何代谢路径，如糖酵解/糖原异生途径（Glycolysis/Gluconeogenesis) 检索Genetic Information Processing KEGG主页点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何遗传信息路径，如 Protein export 路径 可以查看参加这一路径蛋白质的信息 检索Environmental Information Processing KEGG主页点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何Environmental Information Processing 路径，如 MAPK signaling pathway 路径 可以查看与这一路径相连的其它信号路径或参加这一路径的蛋白质信息 * * 二、数据库（Database） 用于收集、整理、储存、加工、发布和检索数据的系统。 生物类的数据库种类很多 投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中 数据库记录通常包括两部分 原始数据 对这些数据进行的生物学意义的注释 一个数据库通常链接了多个相关数据库 核苷酸数据库－水稻抗病相关基因OsDR8 DQ176424 Taxonomy 数据库 Pubmed 数据库 NCBI-Protein 数据库 （一）数据库工具 建立纯文本数据库 GenBank 数据库、EMBL 核苷酸数据库 MySQL 数据库工具 SQL（结构化查询语言）是世界上流行的和标准化的数据库语言 能够快速灵活存储记录文件和图像 下载网址 /pub/mirrors/mysql/Downloads/MySQL-3.23/mysql-3.23.38-win.zp AceDB 数据库工具 AceDB：A C. elegans DataBase（线虫数据库） 被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具 数据形式丰富 遗传图谱 物理图谱 新陈代谢途径 序列等 G181 0.42 0.84 RM224 0.21 R1506 0.21 Xa26 S12886 1.47 0.00 0.63 L1044 NBS119 RM144 Y6855RA 0.00 11 （二）各种生物数据库 1、核苷酸数据库 DNA、mRNA、tRNA、rRNA序列 RNA序列以cDNA序列的形式收集 核苷酸序列直接来源于实验数据 大量氨基酸序列 主要是非实验来源数据 coding sequence (CDS) 数据库种类很多 GenBank、EMBL核苷酸数据库、DDBJ 信息资源共享：以天为基础进行数据库之间的序列数据交换 收集了专利的核苷酸序列 United States Patent and Trademark Office (USPTO) European Patent Office (EP