ncbi上传序列用法.pdf

向NCBI 提交序列常用的程序有两个，一个是在线提交的BankIt， 一个是用软件Sequin 。用那种办法，根据不同的需要。 一．BankIt:(在线提交页面：/BankIt/index.html) 1.适合单个或少量几个的提交 2.喜欢用在线的方式提交，无需下载个软件 3.你的序列的注释不复杂 4.提交你的序列时不需要用到序列的分析 1.提交的是批量而且比较复杂的序列 2.you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets 3.喜欢图形的界面，有更的选项和功能，可以批量修改 4.获得相关的分析工具 这里简单介绍一下在线提交序列程序BankIt，Sequin 也是大同小异的。 1，过入GenBank 2，左栏点击Submit to GenBank 3，左边出现几个工具的选择，点击BankIt。在BankIt 提交页面的最下面，填上你要提交的 序列的长度，点New 4 ，点New 后，会生成一个bankit 号，记住这个号。下面根据需要填写一些必需的内容。名 字啊，序列之类的 5，填好资料后，你可以保存一份在你的电脑。如果确认无误，点提交（Validate and continue ） 6，如果你填的资料有误，或漏填了。就会有ERROR 的提醒。像名字，电话，Email，序列等 都是必须的。 最后NCBI 会给您发个邮件，等过几个月后如果没有问题就能得到您的登录号了，如果有问 题NCBI 会邮件和您联系。如果是用Sequin，填好资料过程中可以随时保存，最后你只需把 最后确认的文件向NCBI 发封邮件就可以了。 差不多就是这样，其它细节问题。自己琢磨琢磨去 本文详细出处参考：/466/ 二．Sequin （下载页面：/Sequin/index.html ） Sequin 介绍 1.提交的是批量而且比较复杂的序列 2.you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets 3.喜欢图形的界面，有更的选项和功能，可以批量修改 4.获得相关的分析工具 5.随时可以保存 Sequin 提交序列图解教程 1，Sequin 开始界面 开始一个新的提交或是选择编辑已有保存的文件（Read Existing Record），用Sequin 的好处 就是你可以保存下来，可以随时修改。直到满意后再向NCBI 提交。 2，输入Title ，作者，联系方式等 Title 是必须的。自行添写一个。然后点Next Page 到Contact 菜单，添加联系方式。再Next Page， 填写作者等。能填写的就填上，越详细当然是越好的。不知道的话可以跳过，因为后面也是 可以重新修改的。 3，添加序列 准备一个Fasta 格式的序列。保存在一个文件。可以选择单个序列或是批量序列。其它的Type 都是比较特殊，不常见。 4 ，添加序列的注释信息 上传了序列之后，点击 Next Page 继续添加序列的信息，如属于哪个物种的，序列注释。 有没有蛋白序列等。这里也是一样，能填的就填上，不懂就Next。后面也是可以修改的。 5，GenBank 格式的界面，最后修改 Edit 菜单 上面的步骤都完了之后。出现一个 GenBank 格式的界面，如下图。在这里，一切信息就一 目了然。那里不对，需要修改的。双击就行了。另外，在Edit 菜单比较修改作者、联系方 式等资料。 Annotate 菜单 在Annotate 菜单可以添加序列的注释，也可以批量添加。如加CDS 区，exon 区等等。其格 式可以参照其它序列的GenBank 格式。 6，保存序列 如果在中途要临时保存，在File 菜单的Save ，保存后的文件是.sqn。全部修改完毕后，选择 File/Submission。就会有一个提示框，提示把保存后的发送一封邮件到NCBI。 7，发送邮件提交序列 把保存后的.sqn 文件发到gb-sub@ 。等待几天，NCBI 就会有回音的啦 本文详细出处参考：/816/