凝胶分析软件BandScan使用手册.doc

凝胶分析软件BandScan使用手册 Update:2006-12-31From:丁香园 Hot: 4993 　　 按：现在有很多常用的分子生物学软件，但对于初学者，尤其是不太擅长计算机者，使用起来有相当难度。琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了，这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。这个想法在心里很久了，但是一直没有时间付诸实践，的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程，奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在绿谷生物网下载频道下载/soft/biosoft/2009/7529.html。2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。双击打开。 3.打开后的界面如图。 打开一张扫描好的电泳图。BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片，很方便。打开工具栏上的file/open tiff，jpg file format，选中待分析的图片。  5.打开。这时候凝胶图像显示出来。1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（select rectangle）。 6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角，松开鼠标，划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时，命令框内均变成黑色的（可以操作）。上面那个undo rect可以取消选框，下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动，直接单击accept selected region。 7.出现color to signal selections复选框。 这个是选择信号检测方式 直接用默认的original image 或选择gray scale（灰阶）。 本例中不改动，单击use current image。 8.出现如下分析框。它是自动转换成灰阶的。其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。 9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧：打开工具栏上的band finding/find bands， 出现一个让你选择有几条泳道的框selecting number of lanes， 我们设置成3道。 ? ? 10.看，每一个条带都自动被框起来了：）红色+记号是条带的中心位置，兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框select more or select few bands。可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择蛋白条带。拉动左边的滚动条，可以增加或减少条带的数量。选好后单击ok。 11.现在就可以看看蛋白的表达量了。打开window/band table。出现了一个band location的表格。把它最大化，放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。 12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。 我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：） 总结：真的只是领进门。因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。比如用手动方式加入未被自动选择的条带，等等。举个例，我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上，可以用band finding/manually insert a band命令把它们选上。这时，条带百分数也会随之改变。这样直观的学习想必是大家都喜欢的吧：一个例子学会一个软件。我更加希望，有更多的高手可以用这种方式把初学者迅速领进门。有什么问题，请大家跟帖子或联系我，也希望大家支持我，把这件事情坚持做下去。