同源建模详细讲解-整理版概要.ppt

修正前 修正后 模型质量再检测 用SAVES服务器对于经过处理的蛋白结构进行评价 优化前 优化后 77.419 68.280 优化前 优化后 后续优化 结构方面：利用MD对整个结构进行进一步的松弛，以去除不合适的clash。 能量方面：利用Gromacs对蛋白结构进行能量最小化。 * * Alignment mode Alignment mode: 比对模式 提交目标蛋白与模板蛋白的序列比对结果(FASTA,MSF,ClustalW等格式) 适用：1、较高的相似性 2、利用Auto模式未必能找到最合适模板的情况 3、使用者有目的的使用特定的模板蛋白 (比如具有更为相似的活性位点结果，而不是更为相似的整体结构) 邮箱 模型命名 比对后的序列 比对文件 Project mode Project mode:项目模式 难以直接通过序列比对获得模板 需要人工插入调节(借助蛋白结构编辑软件deepview) 可以将前两种模式模建出的蛋白进行人为调整 适用：相似性不高 I-TASSAR I-TASSAR: /I-TASSER/ *也可以下载本地安装包 评价：根据结果质量检验，该服务器应该是自动建模的软件里是结果最详细的，二级结构、top10模型、配体结合位点等等。 缺点：计算结果时间比较长 结果需要进一步优化 HOMCOS 1.0 HOMCOS 1.0：tein.osaka-u.ac.jp/homcos/ 同源二聚体建模 异源二聚体建模 识别可能的互作蛋白 ESyPred3D ESyPred3D ：http://www.unamur.be/sciences/biologie/urbm/bioinfo/esypred/ 评价：自动建模预测服务程序，ESyPred3D在目标-模板比对这一步做出的结果较好,且在预测序列与模板序列相似度差时有较好的模型预测效果。 Modeller 该软件由Sali lab开发，目前最新的版本是9.11，可在win下和linux运行，需要对应版本的python （3.0）。完全免费。 主要功能包括：多聚体建模，二硫键建模，杂原子建模等(配体、辅酶等)。自带一套模建结构后的优化、分析。 But！ 该软件完全是命令行模式，操作相对复杂，可控制的地方多。 Easymodeller 对于习惯于GUI的我们来说，modeller操作不太方便。 于是。。。 印度 Hyderabad大学的一位牛人Kuntal Kumar Bhusan为其编写了一个GUI界面，即为Easy Modeller。EasyModeller，目前最新版本为4.0。 之后，又有SWIFT MODELLER，UCSF Chimera interface *注： 图形用户界面（Graphical User Interface，GUI） 1、指定工作目录 2、输入氨基酸序列 3、加载模板信息（可指定加载某条链，可加载多模板） 4、多重序列比对（可编辑比对结果） 5、生成模型（自动Loop建模，手工Loop建模） 6、优化模型 Easymodeller 2.0 氨基酸序列 提交模板序列 工作目录 多重序列比对 模型优化 命令信息显示窗口 模型生成 同源模建结果评价与改进策略 同源模建结果的评价 PROCHECK 、 WHATCHECK 、ERRAT 、 Verify_3D 、PROVE UCLA-DOE的SAVES服务器包括了这五种常用的检测 其网址为：/SAVES/ 除SAVES外，Molprobity也是一个常用的在线模型分析工具，其网址为：/index.php PROCHECK: 以PDB中高分辨的晶体结构参数为参考，给出提交模型的一系列立体化学参数（主链）。其输出的结果包括：拉氏图，主链的键长与键角，二级结构图，平面侧链与水平面之间的背离程度等。 WHATCHECK:包含大量的检测项，可以针对提交的蛋白结构与正常结构之间的差异，产生一个非常长而且详细的报告。 ERRAT: 计算0.35 nm范围之内，不同原子类型对之间形成的非键相互作用的数目（侧链）。原子按照C、N、O/S进行分类，所以有六种不同的相互作用类型：CC、CN、CO、 NN、 NO、 OO。得分＞85比较好。 Verify_3D:比较模型和氨基酸一级结构的关系，获得PASS评价即可。 PROVE: 与预先计算好的一系列标准体积之间的差别。用Z-score 来表示。Z-score作为一个统计学值，可以显示模板蛋白质和待测蛋白之间的匹配程度，当Z-score较低时，就意味着没有匹配搜索的结构 实例 以我研究的APS kinase的模