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以系統生物學修正Petri Nets 於代謝模型上之應用 USING SYSTEMS BIOLOGY APPROACH for PETRI NETS in METABOLIC NETWORKS 蔡劍霞 俞旭昇 國立暨南國際大學資訊管理學系 一、中文摘要 療行為的特性，以人類代謝為範疇，結合系統生 物學與數學模型，提出模組化與建立代謝模型的 臨床醫學診斷多仰賴經驗的累積與傳承，患 方法。與醫療專家系統不同之處，在於專家系統 者以各種多樣化的症狀表現，醫師經由實際醫療 依賴已知的事實建立規則，欲推論的事項若不在 案例與各式檢驗，研判投藥的項目與劑量。本研 知識庫範圍內，系統將無法提供推論結果。本研 究針對醫療行為的特性，以人類代謝為範疇，結 究的推導方式是利用數學模型結合資料庫，透過 合系統生物學與Petri-net 數學模型，提出模組化 即時運算提供可能出錯的代謝環節。 與建立代謝模型的方法。 電腦的特性在於處理大量資料，不能虛擬或 改變數據，利用實際存在的代謝數據，建構具推 關鍵詞：系統生物學，Petri-net ，代謝模型 論功能的數學模型，以確保無遺失或尋找新的投 藥方式。例如，某代謝疾病的症狀在臨床經驗中 Abstract 可能是缺乏某一種酵素引起的問題，對甲病人施 以該酵素奏效，但同樣症狀發生在乙病人身上， The validity of clinical medical treatment 投以同樣藥物與劑量卻不見得能得到效果。原因 depends on the physician’s experiment. Our study is 可能是不同代謝環節的缺失最後卻引起相同的 based on this feature, using Systems Biology and 症狀，只依賴醫師的經驗傳遞，難免有疏漏之 Petri Nets theory to build a new modeling approach 處。利用電腦大量運算的特點，配合適當的推論 in metabolic networks. 模型，當檢驗數據進入資料庫後求得可能的發生 原因，將能彌補人力不足之處。 Keywords: Systems Biology, Petri-net, metabolism model 三、文獻探討 二、緣由與目的 基因被表現與轉譯為蛋白質時，這些基因產 物成為複雜生化交互作用的一份子。酵素催化的 臨床醫學診斷多仰賴經驗的累積與傳承，患 化學反應很少是以一種生物體內的物質開始，轉 者以各種多樣化的症狀表現，等待醫師用合乎邏 化為另一個重要產物，相反的，酵素反應通常是 輯的思考步驟，透過精確困難的診斷揭開謎底。 一連串複雜的步驟。每種蛋白質不只是單一代謝 經由實際醫療案例與各式檢驗，研判投藥的項目 途徑中的某一步驟，也可能是串連在其他代謝途 與劑量，成效仰賴醫師臨床經驗的多寡，與對症 徑的一部份。面對複雜且分歧的代謝途徑，建立 狀、文獻的掌握程度，假如經驗不足或面對未知 良好且適於電腦應用的表達方式，比起線性的基 的疾病，則能預見投藥效用不彰。目前資訊系統 因序列或基因體的工作要困難許多。 在醫療行為的運用多處於資料彙整的地位，提供 網際網路上最