CN107092812-CN201710144806-一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质的方法.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 107092812 A (43)申请公布日 2017.08.25 (21)申请号 201710144806.1 (22)申请日 2017.03.06 (71)申请人 扬州大学 地址 225009 江苏省扬州市大学南路88号 (72)发明人 刘维　吴蔷梅　陈昕　 (74)专利代理机构 南京中新达专利代理有限公 司 32226 代理人 孙鸥　朱杰 (51)Int.Cl. G06F 19/14(2011.01) G06F 19/18(2011.01) G06N 3/12(2006.01) 权利要求书1页 说明书4页 附图3页 (54)发明名称 一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋 白质的方法 (57)摘要 本发明涉及一种在PPI网络中基于遗传算法 识别关键蛋白质的算法。本发明在蛋白质相互作 用网络中产生初始种群，对个体的适应度计算， 赌轮的方法选择操作，在随机挑选的个体对之间 进行交叉操作，变异操作，对多个个体解进行局 部优化。本发明克服了已有的方法各自存在的缺 陷。本发明对该指标进行优化，融合了生物信息， 可靠性更高，减少了许多不必要的计算，而且能 够对预测出来的关键蛋白质进行局部优化，提高 在关键蛋白质识别方面的效率，扩展了该技术在 生物信息领域的应用范围和实用性。 A 2 1 8 2 9 0 7 0 1 N C CN 107092812 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质的方法，其特征在于，包括如下步 骤： (1)在蛋白质相互作用网络中产生初始种群； (2)对个体的适应度计算：对种群中的个体，通过适应度函数计算其适应度值； (3)选择操作：对种群中的个体，按其适应度值采用赌轮的方法选择其参加下一代的种 群； (4)交叉操作：交叉操作是按一定概率在随机挑选的个体对之间进行； (5)变异操作：变异操作是按一定的概率在随机挑选的个体上进行的，在进行变异时， 随机挑选新个体中的d个蛋白质，将替换成随机挑选的其他蛋白质； (6)局部优化：对多个个体解进行局部优化。 2.根据权利要求1所述的在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质，其特征在于所述 步骤(2)对个体适应度的计算：首先本方法在运用PPI网络拓扑结构的同时，考虑到了对识 别准确率影响较大蛋白质的生物信息，综合运用了其在生物方面的相似度，主要有共同邻 居相似度(NTE)，基因表达相似度(GES)，GO语义相似度(GOS)，域交互程度(DS)，系统发育谱 相似度(PPS)，通过对这五种相似度进行加权平均，从而形成蛋白质之间的相似度，而不是 单纯的运用网络拓扑信息。同时通过选取候选解的方法来识别关键蛋白质，其中每一个候 选解含有P个蛋白质，整体度量这P个蛋白质的关键性，通过这些蛋白质与其他蛋白质的联 系的紧密度来衡量其关键性。 2 2 CN 107092812 A 说　明　书 1/4页 一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质的方法 技术领域 [0001] 本发明属于生物信息技术领域，主要是在蛋白质相互作用网络中通过遗传算法识 别关键蛋白质的技术，特别涉及一种在PPI网