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面向医科院校生物信息学专业的Java教学实践 　　摘要:Java作为面向对象编程语言工具,在生物信息学的研究中具有广泛的应用。 本文在分析医科院校学生情况和课程本身特点的基础上,论述了对如何培养学生学习动力、增强课堂教学效果、提升学生创新实践能力等方面进行的研究和实践。 　　关键词:Java教学;案例驱动;生物信息学专业;医科院校 　　中图分类号:G642 文献标识码:B 　　 　　1引言 　　随着生物信息学研究的飞速发展,带来了对开源、可重复利用和面向对象的程序包和软件的迫切需求。Java作为面向对象编程语言工具,在生物信息学的研究中具有广泛的应用。目前,学界已经针对生物信息学中的各种问题,开发了很多基于Java的软件工具,比如BioJava、Cytoscape等等。BioJava是用于分析和表示生物序列(如DNA、RNA和蛋白质)的基础库;Cytoscape是用于绘制和分析各种生物学网络,基于Cytoscape的插件已达数百种,针对各种类型的网络给出更有针对性的分析。此外,美国国立生物技术信息中心NCBI[4]作为生物信息学领域最权威和广泛使用的平台也提供了相应的Java API。这些都说明Java是从事生物信息学研究的强有力的工具。 　　在医科院校生物信息专业开设Java课程,特别是在完成生物信息相关专业基础课程后,学生通过学习Java课程,会使学生掌握从事生物信息研究的平台工具,从而更好的完成理论学习到实践环节的跨越。为了讲授好Java语言这门课程,我们对医科院校生物信息专业本科生的特点进行了深入的分析,并在我们的教学实践中注重与科研实践相结合,注重课程之间相衔接,注重课内课外相促进,寓学于做,以练带学,取得了较好的教学效果。 　　2由浅入深,注重课程联系,增强学生学习兴趣 　　作为一名医科院校生物信息专业的学生,要求既要有良好的数理基础与计算机应用知识,又要有较为系统扎实的生物信息学理论基础,学习广泛的课程,涉及数学、物理、计算机、生物等多个学科。计算机只是作为生物信息学学习和研究的应用工具,医科生不可能进行计算机专业的系统学习。因此,医科生普遍对自己的编程能力缺乏信心。针对这样的情况,我们在教学实践时会用一些生动有趣,并且几句简单的代码就能实现的功能,先把复杂的问题简单化,随着课程的不断推进,学生慢慢入门,再把简单的问题逐渐复杂化,让学生认识到编程语言不仅精妙深刻,而且博大精深,程序也可以编写的很美妙,这的确是可以终其一生去不断研究和探索的深刻学问。这样就使学生产生自己继续钻研下去的兴趣。 　　要增强学生学习的兴趣和动力,提升本课程在整个课程体系中的地位和作用也是十分重要的,因此在授课过程中我们非常注重与其他课程的衔接和联系,结合其他课程,设计案例。比如,此门Java课程与计算机图形学在同一学期开课,用applet实现分形几何中的绘图算法,即增强了Java的教学效果,又加深学生对图形学理论的理解。此外,之前开设过的数据库原理,如果在Java的教学中引入数据库的连接和数据库操作,岂不知新而温故。 　　3案例驱动,结合科研实际,提升课堂教学效果 　　在教学中,我们采用案例驱动的教学方法,每一部分的理论知识,都要配以相应的案例讲解来帮助学生消化和理解理论知识。教师讲解的案例都是代码级别的,定义规范,流程清楚,可读性强,具备参考价值,这样可以促使学生养成良好的编程习惯。另外,教师以多媒体手段演示代码的编制调试过程,使学生对编程环境更加熟悉,能够灵活运用跟踪、断点等调试手段,使学生能够置身于程序开发的氛围中,而不是被动的接受。 　　为了让学生更深刻的了解Java在生物信息领域研究中的实际应用,我们在教学中所使用的实例大部分来源于生物信息学科研实践中遇到的具体问题,把对这些实际的生物信息学问题的解决方案转化为课堂教学的生动案例,让学生看得到这些编程技术的实际作用,在学习中慢慢渗透和培养学生的科研能力。生物信息学是现代的前沿学科,很多毕业生将来可能会继续从事相关的科研工作,因此这方面的培养是非常必要的。如表1所示,我们列举了部分具体的教学内容及相应采用的实例。 　　 　　表1教学内容与教学案例 　　教学内容 典型案例 　　Java基础知识 基因类和蛋白类的定义;实现基因DNA序列向蛋白氨基酸序列的转化算法。 　　Java与文件操作 实现多种分析软件的输入、输出数据格式的转换,主要用到BufferedReader、BufferedWriter、FileReader、FileWriter等类。 　　Java Applet 根据用户提供的转录因子集合,动态绘制这些转录因子所参与的基因转录调控网络图;用applet实现分形集合中的绘图算法。 　　Java与Servlet 简单实现多物种的转录因子和