03_生物信息学数据库.ppt

通知 下次课时间为10月10日。 推荐网站： /Education/ http://bioinformatics.ca/links_directory/ 生物学数据库Biological databases 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 生物信息学软件工具专辑 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 2.1 GenBank GenBank GenBank数据量的增长 2.2 NCBI 的 RefSeq 数据库 NCBI 的 RefSeq 数据库 NCBI 的 RefSeq 数据库 NCBI 的 RefSeq 数据库 GenBank and RefSeq 参考文献: NCBI手册 GenBank: The Nucleotide Sequence Database /books/bv.fcgi?rid=handbook.chapter.ch1  2.3 Swiss-Prot SIB创建 世界上最广泛使用的蛋白数据库 。 手工注释 冗余度小 The Swiss-Prot groups from SIB and EBI 2.4 TrEMBL SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，再加上资金短缺，导致了TrEMBL的产生。 TrEMBL的含义就是“Translation of EMBL” 2.5 PIR: Protein Information Resource 蛋白信息资源数据库 建于1984年 2002年与Swiss-Prot, TrEMBL一起合并为UniProt。 2.6 UniProt 2.7 GenPept GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库。 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 3.1 GOLD 3.2 NCBI的基因组数据库 下载细胞器基因组数据 3.3 专门基因组数据库 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 4.1 Protein Data Bank (PDB) 4.3 CATH: Protein Structure Classification CATH is a hierarchical classification of protein domain structures, which clusters proteins at four major levels: Class (C), Architecture (A), Topology (T) and Homologous superfamily (H). 4.4 SCOP: Structural Classification of Proteins 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 5.1 KEGG 5.2 BioCyc 本节内容 Nucleic Acids Research 数据库专辑 核酸和蛋白序列数据库 基因组数据库 大分子结构数据库 代谢通路数据库 其它 6.1 GO: Gene Ontology 银行雇员和小商贩有许多位，但我们只用有限的词汇就可以描述他们。 基因组中的基因有许多，但可以用有限的词汇对他们进行划分。 Cellular Component (CC) Biological Process (BP) Molecular Function (MF) Ontology Structure The ontologies are structured as directed acyclic graphs (DAG), which are similar to hierarchies but differ in that a more specialized term (child) can be related to more than one less specialized term (parent). 数据库中的错误 小结：重要的生物学数据库 核酸序列数据库（G