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Definition A sequence is a linear set of characters (sequence elements) representing nucleotides or amino acids 相似性和同源性（similarity and homology） 同源序列是指某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。 相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列 （query sequence）和目标序列（subject sequence）之间相同DNA碱基或氨基酸残基序列所占比例的高低。 当相似程度高于50％时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是同源序列。 局部相似性和整体相似性 序列比对的最终实现，必须依赖于某个数学模型。不同的模型，可以从不同角度反应序列的特性，如结构、功能、进化关系等。 序列比对的数学模型可分为两类：一类从全长序列出发，考虑序列的整体相似性，即整体比对；第二类考虑序列部分区域的 相似性，即局部比对。 Sequence comparison Gene sequences can be aligned to see similarities between gene from different sources * 第五章 数据库搜索工具BLAST （BLAST for database se