基因组学（genomics）.pptVIP

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2018-03-24 发布于广东
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基因组学（genomics）.ppt

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基因组学（genomics）

Is the Adf1 binding site conserved? ENCODE pilot phase 1% of the genome. 44 regions target selection. commitee has selected sequence targets manual targets – a lot of information radom targets – stratified by non exonic conservation with mouse by gene density * What is genomics? Genes, promoters, regulatory elements, alignments, trees, … What is the “Genome”? Protein 3 billion units (nucleotides) 10000 6-15 Sizes: GGGCTGGGCGAGTATCTCTTCGAAAGGCTCACTCTCAAGCACGACTAAGAGCCTTCTGAGC . . . . . . . . . . . . What is genomics? . . . GGGCTGGGCGAGTATCTCTTCGAAAGGCTCACTCTCAAGCACGACTAAGAGCCTTCTGAGC . . . . . . . . . . . . What is genomics? GLGEYLFERLTLKHD* . . . . . . . What is genomics? TTCCTTAGACTCTTAGAAAGTACCTCAAAAACGAAATGCGAACAC . . . . . . . . . What is genomics? TTCCTTAGACTCTTAGAAAGTACCTCAAAAACGAAATGCGAACAC . . . . . . . What is genomics? TTCCTTAGACTCTTAGAAAGTACCTCAAAAACGAAATGCGAACAC . . . . . . . ATGGAGT . . . . . . . . microRNA What is comparative genomics? TTCCCTAG--------CAAGTACCTCA------------------TTCCCTAG--------CAAGTACCTCA------------------TTCCCTAG--------CAAGTACCTCA------------------TTCCTTAGACTCTTAGCAAGTACCTCA------------------TTCCTTAGACTCTTAGAAAGTACCTCAAAAACGAAATGCGAACACGACTCT----TTTTAGCAAGTACCTCAAAATATTTAATTAAA-AC ACTCTT----TTTTAGCAAGTACCTCAAGAATTACAATTAAATAT TTCCTTAGACTCTTAGAAAGTACCTCAAAAACGAAATGCGAACAC Grun et al. microRNA target predictions across seven Drosophila species and comparison to mammalian targets, PloS Computational Biology, June 2005 Lall et al. A genome wide map of conserved microRNA targets in C. Elegans, submitted to Cell, 2005. ATGGAGT . . . . . . . . let-7 The Drosophila Genome Project 1911 Genetic Mapping in Drosophila Sturtevant and Morgan 2000 Drosophila melanogaster genome sequenced Celera and LBNL publish Drosophila genome in Science 2003 Proposal for Drosophila as a model system for comparative genomics Clark, Gibson, Kaufman, McAllister, Myers, O’Grady 2005 Twelve Drosophila genomes sequenced