研究生基因组学培训材料.pptVIP

细胞内蛋白的降解主要通过两个途径，即自噬和泛素蛋白酶体系统。 自噬，它的字面上的意思是“自己吃自己”，它在降解细胞内细胞器和较稳定蛋白上起着重要的功能； UPS则负责特异性地降解大多数细胞内蛋白，它是一种高效蛋白降解途径， 其生物学作用非常广泛。 泛素是一个由76 个氨基酸组成的高度保守的多肽链,因其广泛分布于各类细胞而得名。泛素共价地结合于底物蛋白质的赖氨酸残基，被泛素标记的蛋白质将被特异性地识别并迅速降解。 靶蛋白的泛素化降解涉及以下3个连续的过程：（1）泛素的活化，这个过程需要以ATP 作为能量，泛素C 端的羧基连接到泛素活化酶E1 的巯基，最终形成一个泛素和泛素活化酶E1 之间的硫酯键；（2）泛素活化酶E1 将活化后的泛素通过交酯化过程传递给泛素结合酶E2； （3）泛素连接酶E3将结合E2的泛素连接到靶蛋白上。靶蛋白在泛素激活酶E1、泛素结合酶E2和蛋白泛素连接酶E3的作用下共价连接上几个泛素分子，然后被26S蛋白酶体所降解。 组蛋白修饰能够引起核小体结构的变化，导致染色质重塑，影响各类转录因子与DNA的结合，进而影响基因的转录。 组蛋白乙酰化对于维持组蛋白的功能和DNA转录是必需的，组蛋白乙酰化的失衡将引起相应的染色体结构和基因转录水平的改变， 染色质重塑 染色质重塑(remodeling)是指染色质位置、结构的变化，主要包括紧缩的染色质丝在核小体连接处发生松动造成染色质的解压缩，从而暴露了基因转录启动子区中的顺式作用元件，为反式作用因子与之的结合提供了可能。 染色体重塑的过程由两类结构所介导：ATP依赖型的核小体重塑复合体和组蛋白共价修饰复合体。 前者是利用水解ATP获得的能量，改变组蛋白与DNA之间的相互作用； 后者对组蛋白的尾部进行共价修饰，包括赖氨酸的乙酰化，赖氨酸和精氨酸的甲基化，丝氨酸和苏氨酸的磷酸化，赖氨酸的泛素化，谷氨酸的多聚ADP核糖基化和赖氨酸的苏素化等。 非编码RNA按照大小可分为两类：长链非编码RNA和短链非编码RNA。 长链非编码RNA在基因簇以至于整个染色体水平发挥顺式调节作用； 短链RNA在基因组水平对基因表达进行调控，它们能介导mRNA的降解，诱导染色质结构的改变，决定着细胞的分化命运，还对外源的核酸序列有降解作用以保护本身的基因组。 miRNAs是一类进化上高度保守的单链RNA，通常长度在22nt左右。它们由基因组DNA编码，在RNA聚合酶II的作用下转录成为pri-pre-microRNA，通过一系列酶切之后形成成熟的microRNA，与RNA诱导的沉默复合体（RNA-induced silencing complex, RICS）结合于靶mRNA的3-UTR区域，阻遏翻译甚至直接降解mRNA，抑制基因表达。 人类的肿瘤细胞株中发现了许多肿瘤相关基因的5 ‘端启动子区的CpG岛都发生了高甲基化，例如某些抑癌基因(p16)、肿瘤转移抑制基因(Nm23)、DNA修复基因(MLH1)以及血管生成抑制基因等。 某些基因在不同的癌症中都被甲基化，如p16；而有的基因只在特定的癌症中被甲基化，如GSTP1基因只在前列腺癌中发生高甲基化；同时，许多血液病也与基因的高甲基化有关。 基因组甲基化分析方法 甲基化敏感扩增多态性技术 (MSAP) 优点：(1)不需知道被测DNA的序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知识未知的生物。(2)操作相对简便，在AFLP 技术体系的基础无需改进，即可操作。(3)可在全基因组范围检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。MSAP 技术的局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。 高效液相层析及相关方法? 能够定量测定基因组整体甲基化水平。 特定DNA片段甲基化检测方法 亚硫酸氢盐预处理法 联合甲基化敏感的限制性内切酶法 探针杂交法 * * 组蛋白修饰是表观遗传研究的重要内容。 组蛋白的N端是不稳定的、无一定组织的亚单位，其延伸至核小体以外，会受到不同的化学修饰，这种修饰往往与基因的表达调控密切相关。 被组蛋白覆盖的基因如果要表达，首先要改变组蛋白的修饰状态，使其与DNA的结合由紧变松，这样靶基因才能与转录复合物相互作用。因此，组蛋白是重要的染色体结构维持单元和基因表达的负控制因子。 组蛋白的甲基化修饰主要发生在赖氨酸(K)和精氨酸(R)残基上。赖氨酸甲基化修饰通常发生在组蛋白H3赖氨酸4位、9位、27位、36位、79位残基(H3K4、H3K9、H3K27、H3K36、H3K79)，以及组蛋白H4第20位赖氨酸残基(H4K20)上。 通常认为H3K4、H3K36、H3K79的甲基化修饰介导基因转录活化，而H3K9、H3K27、H4K20的甲基化修饰介导转录抑制。 精氨酸甲基化修饰通常发生在组蛋白H3精氨酸2位、8