比较图元向量和点的聚类系数对差异网络的研究-生物信息学.PDF

第 １１卷 第４期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１１Ｎｏ．４ ２０１３年１２月　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｄｅｃ．，２０１３ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１３．０４．０４ 比较图元向量和点的聚类系数对差异网络的研究 肖碧玉，李先彬，沈良忠，刘文斌∗ （温州大学物理与电子信息工程学院，浙江 温州，３２５０３５） 摘　 要：差异分析对于揭示生命体的生长、发育和衰老过程及疾病发生具有重大的意义，基于网络的差异分析方法已经成为 系统生物学的一个研究热点。 网络节点往往通过与局部结构作用实现某种功能，其与局部结构的关系变化，很可能影响其功 能。 本文利用仿真实验的方法比较了图元向量和点的聚类系数两种局部结构测度的性能，并且利用他们分别设计算法挖掘 差异网络中模块化变化的基因簇。 应用ＡＧＥＭＡＰ 数据库中小鼠１２个组织基因表达数据进行实验，大部分聚类簇都高度显著 富集与衰老相关的ＧＯ项。 关键词：差异网络；点的聚类系数；图元向量；小鼠衰老 ＋ － － － － 中图分类号：Ｒ９７８１ ６　 　 文献标识码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１３） ０４ ２６４ ０７ Ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｇｒａｐｈｌｅｔ ｏｒｂｉｔ ａｎｄ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ ｎｅｔｗｏｒｋ ＸＩＡＯ Ｂｉ⁃ｙｕ，ＬＩ Ｘｉａｎ⁃ｂｉｎ ，ＳＨＥＮ Ｌｉａｎｇ⁃ｚｈｏｎｇ，ＬＩＵ Ｗｅｎ⁃ｂｉｎ∗ （Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｈｙｓｉｃｓ ａｎｄ Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｗｅｎｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｅｎｚｈｏｕ ３２５０３５，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｓ ｖｅｒｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｏｒ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ｐｒｏｃｅｓｓ ｏｆ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｆ ｄｉｓｅａｓｅｓ． Ｒｅｃｅｎｔｌｙ，ｇｒａｐｈ ｂａｓｅｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ａｎａｌｙｓｉｓｈａｓｔｕｒｎｅｄ ｔｏ ｂｅ ａ ｈｏｔ ａｒｅａ ｉｎ ｓｙｓｔｅｍ ｂｉｏｌｏｇｙ． Ｏｎｅ ｎｏｄｅ ｏｆｔｅｎ ｗｏｒｋｓｗｉｔｈ ｉｔｓ ｎｅｉｇｈｂｏｒｉｎｇ ｎｏｄｅｓ，ｓｏ ｔｈａｔ ｔｈｅｉｒ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓｗｉｌｌ ｃｈａｎｇｅ ｉｆ ｔｈｅｉｒ ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｓ ｃｈａｎｇｅ． Ｉｎ ｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ，ｗｅ ｃｏｍｐａｒｅｄ ｇｒａｐｈｌｅｔ ｏｒｂｉｔ ａｎｄ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｂｙ ｒａｎｄｏｍ ｎｅｔｗｏｒｋｓ． Ｗｅ ｕｓｅｄ ｔｈｅｍ ｔｏ ｍｉｎｅ ｗｉｔｈｉｎ ｍｏｄｕｌｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｃｏ⁃ｅｘｐｒｅｓｓｓｉｏｎ ｃｌｕｓｔｅｒｓ． Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｄａｔａ ｆｏｒ ｍｉｃｅ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓ ａｒｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｅｎｒｉｃｈｅｄ ｉｎ ｓｏｍｅ ＧＯ ｔｅｒｍｓ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ａｇｉｎｇ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ Ｎｅｔｗｏｒｋ；Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ；Ｇｒａｐｈｌｅｔ Ｏｒｂｉｔ；Ａｇｉｎｇ 　 　 系统生物研究表明：生命体的生长、发育、衰老 Ｊａｃｏｂ 等发现小鼠衰老期各组织的基因表达水平变 过程以及疾病的发生与基因之间相互作用的变化密 化存在较大的差异，可归类为神经组织、血管组织、 切相关。 随着以微阵列技术为代表的各种高通量技 类固醇反应组织三种衰老类型［１］ 术的飞速发展，人们可以同