小麦microRNA的鉴定与分析.pdfVIP

摘要 摘要 鼠、人体及拟南芥等生物中普遍存在，并对其生长发育起着重要的调控作用。 目前研究人员通过实验和计算机的方法在植物和动物中发现了越来越多的 体内表达量低或在特定阶段表达时，就很难检测到microKNA分子。例如一些 microRNA由于其自身的特性，包括序列组成或转录后编辑或甲基化修饰等而 难以克隆，另外由于大多数内源siRNA和microRNA的低水平表达产生的低信 号使得利用基因芯片技术鉴定microRNA分子也困难重重。近年来，随着人类 基因组和许多模式生物基因组测序工作的完成，利用计算机搜索microKNA的 方法逐渐普及。小麦营养比较丰富、经济价值较高，是世界上总产量占第二位 的粮食(仅次于玉米)，是人和动物的主食之一，也是我国粮食系统中的重中 之重。我国是世界上小麦生产的第一大国，小麦生产自然是农业生产中的一个 重要部分，所以对小麦的抗虫害抗盐等性状的研究就显得十分重要。由于近期 对于microRNA的研究表明它们与植物各个阶段的生长发育息息相关，所以对 出小麦中尽可能多的microRNA和它们的靶序列的种类和功能。 本文利用生物信息学方法在小麦基因组及EST库中搜索可能的microRNA 分子，望借此一方面增加小麦microKNA数据库，以方便今后对小麦基因表达 调控的深一步研究，另一方面研究小麦microKNA与其靶序列的作用方式及其 靶序列的功能以便了解整个植物microRNA与其靶序列的作用系统。 成熟序列作为模板序列进行同源性搜索，再分析其二级结构并筛选出符合 序列，利用RT-PCR验证表达情况，最后利用在线分析软件找出这些候选分子的 靶序列，对其靶序列的功能进行分析，预测小麦及整个植物microRNA分子的功 能。现将结果小结如下： ． 在小麦基因组和EST数据库中利用生物信息学方法搜索出29个与其它植物 Ⅱ 摘要 分子为单拷贝。29个候选分子中有20个为EST序列，我们在剩下的非EST序 列中抽出6个进行RT-PCR验证，其中2个在所有组织中均出现条带，另外2 个的条带具有组织特异性，剩下的2个未出现条带。这说明有些microRNA基 因可能作用于同一物种的所有组织，有些则作用于部分组织，证明了microRNA 在调节植物不同阶段的生长发育中起着重要的作用。 关键词： 微小RNA(microRNA)、非编码RNA、生物信息学、小麦 Ⅲ ABSTRACT ABSTRACT aclassof small RNAsabout MieroRNAs(miRNAs)areendogenousnon-coding 22nt that in such嬲Caenorhabditis long present extensivelymanyspecies elegans． and thalianaet Drosophilamelanogaster，Musmusculus，Homosapiens Arabidopsis in al，which rolethe ofvarious play龃importantdevelopmentorganisms．Several hundredmicroRNAshavebeen identifiedand beingexperimentally predictedby