家蚕微孢子（Nosema bombycis）全基因组结构与系统进化分析.pdfVIP

摘要 家蚕微孢子全基因组结构与系统进化分析 生物化学与分子生物学专业博士研究生许金山 指导教师周泽扬教授 (摘 要) 子虫有150个属，约1200余种，它们广泛寄生于脊椎动物和无脊椎动物，是经济昆虫、 鱼类、兔类、产毛动物、啮齿类及灵长类的常见病原。微孢子进化地位特殊，基因组 组型、大小迥异，是研究物种进化的极好材料．家蚕微孢子虫是微孢子属的典型种， 可专性寄生于经济昆虫家蚕而引发家蚕微粒子病，该病是家蚕的毁灭性病害之一，攻 克微粒子病这一顽症，是蚕业界的重点和难点研究领域。但目前国内外有关家蚕微孢 子虫的分子生物学研究极为薄弱，远未达到对家蚕微孢子虫深刻了解的程度。采用比 较基因组学分析手段，从全基因组水平上对微孢子相关物种进行大规模、高通量、高 精度的比较分析已成为该领域的研究热点之一，本世纪初兔脑炎微孢子全基因组精细 图的公布，推动了微孢子基因组研究的深入发展，亦极大提高了人们对微孢子的理解 和认识。本研究通过建立家蚕微孢子虫全基因组shotgun文库，大规模测序和组装后， 获得了家蚕微孢子的全基因组框架图。通过对家蚕微孢子全基因组序列的比较基因组 学分析，结合分子生物技术，着重从同源基因、基因复制和转座子重复序列三个方面 出发，研究了家蚕微孢子的基因组结构特点，揭示了家蚕微孢子基因组在进化过程中 的多样性和复杂化特征，探讨了家蚕微孢子乃至整个微孢子虫门的进化起源与历程。 主要分析结果如下： I．家蚕微孢子全基因组pUCl8重组质粒文库的构建、测序与组装 通过大量收集家蚕微孢子CQl分离株材料，提取基因组DNA后建立插入片段为 序列，碱基序列总读长达到了4．5倍的全基因组覆盖度。采用RePS软件对所有reads 长度为550Kb，这是首次构建完成的家蚕微孢子基因组序列图谱。 西南大学博十学何论文 2．家蚕微孢子基因预测与基因进化特征分析 对家蚕微孢子全基因组序列进行了基因预测，鉴定得到了6356个家蚕微孢子基 因。采用生物信息学分析方法，将家蚕微孢子、兔脑炎微孢子及酿酒酵母的三个物种 全基因组基因进行相互比较，发现三者之间具有丰富的同源性基因。通过两两物种之 间的同源基因的长度比较，发现家蚕微孢子和兔脑炎微孢子的基因长度相比酿酒酵母 都显著变小，而且前者的变短趋势更加强烈，表明家蚕微孢予的全基因发生了一定程 度的缩减，同时也说明在微孢子虫门的许多物种中普遍发生基因缩减现象。对家蚕微 孢子和兔脑炎微孢子的同源基因在基因组上的排列位置进行比较，发现二者的基因排 列顺序具有很强的共线性特征，有72％以上的同源性基因落入到共线性区段中，表明 了微孢子的基因组进化相对真菌保守．同时在兔脑炎微孢子的每一条染色体上，都发 现有大量家蚕微孢子的短片段的共线性区块存在，表明家蚕微孢子即充分保留了与兔 脑炎微孢子分化之前的祖先基因组特征。也发生了许多基因组内重排事件。 通过近缘物种间的直系同源基因的变异程度分析，发现不同纲的微孢子虫之间的 基因变异程度比较大，其中家蚕微孢子与兔脑炎微孢子之间的序列变异度小于家蚕微 孢子与蝗虫微孢子之间。比较子囊菌门不同物种间的直系同源基因的变异程度，发现 家蚕微孢子与兔脑炎微孢子之问的基因变异度接近并略小于酿酒酵母与裂殖酵母之 闻， 参考酿酒酵母与裂殖酵母的分化时问，估计家蚕微孢子与兔脑炎微孢子在小于 330-420百万年前发生了分化。 3．家蚕微孢子基因家族及基因复制特征研究 家蚕微孢子的多基因家族数量较多，其中双基因家族占到全部家族总数的71．2％． 在特异性基因中，包含三个或三个以上基因成员的家族数目要远远大于共有性基因， 这种差异表明家蚕微孢子为适应宿主环境的特异要求，更多的基因产生分化，形成了 多基因家族。对同家族内的多基因进行比较分析。发现大多数基因之间序列高度相似 (在氨基酸水平上相似性大于80％)，表明家蚕微孢子基因组的许多基因发生了复制， 而这种基因复制是形成家蚕微孢子多基因家族的重要原因之一。通过对基因复制的Ks 值(同义替换率)分析，发现绝大部分的K童值分布在很小数值区段内，即这些基因复制 后发生同义替换的比率非常小，表明家蚕微孢子的基因复制集中发生在近期。推测在 家蚕微孢子基因组的进化过程中，爆发过一次规模化的基因组复制事件。通过分析基 因复制的Ka／Ks值(非同义替换率／同义替换率)分布，发现特异性基因复制后受到