赵相艳博士论文答辩最终版.pptVIP

适用性检验 （1）巴特莱特球性检验。根据检验统计量公式计算得概率P值，若P0.05时，拒绝原假设，认为数据适合进行PCA；若P0.05时，则认为数据不适合进行PCA。 （2）KMO检验。 KMO度量标准表 KMO值 分析的适用性 0.00 ～ 0.49 不能进行分析 0.50 ～ 0.59 很差 0.60 ～ 0.69 差 0.70 ～ 0.79 一般 0.80 ～ 0.89 好 0.90 ～ 1.00 非常好 （3）碎石图直观检验。碎石图的弯曲程度越大，越像个山崖，认为越适合进行主成分分析；相反，所有散点近似在一条直线上或曲线弯曲程度不明显，认为不适合进行主成分分析。 4.3 结果与讨论 主成分分析用于微卫星序列研究 ? Mono- Di- Tri- Tetra- Penta- Hexa- Mono- ** ** ** ** ** Di- 0.790 ? ** ** ** ** Tri- 0.742 0.867 ? ** ** ** Tetra- 0.698 0.796 0.771 ? ** ** Penta- 0.662 0.639 0.504 0.594 ? ** Hexa- 0.356 0.416 0.375 0.319 0.265 ? 各型SSRs之间相关性系数矩阵和单尾检验 表中的数字表示各型SSRs之间的相关性系数，数值越大，说明相关性越强；**代表单尾检验显示差异已达到了极显著的水平（P0.001）。 巴特莱特球性检验中P值远小于0.001，无限接近于0；KMO值为0.866；碎石图所展现的“山崖”特征也是非常明显（如图）。 碎石检验图 检验结果表明，本章数据用主成分分析有显著意义。 Variable PC 1 PC 2 Mono- 0.885 -0.100 Di- 0.939 -0.036 Tri- 0.892 -0.035 Tetra- 0.875 -0.138 Penta- 0.752 -0.206 Hexa- 0.500 0.859 Eigenvalue 4.041 0.811 % of Variance 67.351 13.518 Cumulative % 80.9 KMO Measure 0.866 Bartletts Test 0.001 (df = 15) Scree Test Y Analyzed No. 257 主成分载荷矩阵表 2个新变量 6个原变量 较短重复 较长重复 微卫星序列的碱基组成偏好性分析 Repeat motif (group) Frequency Content (%) Mono- 19534 37.36 A 8564 16.38 C 1434 2.74 G 1408 2.69 T 8128 15.54 Di- 25452 48.68 AC/CA 3358 6.42 AG/GA 3124 5.97 AT/TA 9029 17.27 CG/GC 4094 7.83 CT/TC 2664 5.09 GT/GT 3183 6.09 不同重复单元SSRs在病毒发生的频数及其百分含量 Repeat motif (group) Frequency Content (%) Tri- 6855 13.11 AAT/ATA/ATT/TAA/TAT/TTA 1447 2.77 AAC/ACA/CAA/GTT/TGT/TTG 666 1.27 AAG/AGA/CTT/GAA/TCT/TTC 910 1.74 ACC/CAC/CCA/GGT/GTG/TGG 613 1.17 ACG/CGA/CGT/GAC/GTC/TCG 479 0.92 AGT/ACT/CTA/GTA/TAC/TAG 228 0.44 AGC/CAG/CTG/GCA/GCT/TGC 540 1.03 AGG/CCT/CTC/GAG/GGA/TCC 538 1.03 ATG/ATC/CAT/GAT/TCA/TGA 736 1.41 GGC/CCG/CGC/CGG/GCC/GCG 698 1.33 Tetra- 274 0.52 Penta- 48 0.09 Hexa- 125 0.24 病毒对由A和T构成的微卫星序列有明显的碱基偏好性。 SSRs相对丰度直方图 SSRs相对密度直方图 微卫星序列的相对丰度和相对密度表征 SSRs相对丰度和基因组大小的散点图 数据显示，病毒基因组中微卫星序列的相对丰度、相对密度跟基因组大小均没有相关性。 SSRs相对密度和基因组大小的散点图 4.4 本章小结 主成分分析的结果显示，造成病毒间微卫星序列多样性的最大因素是重复单元较短的微卫星序列（主要是SSRs1~4），其次是重复单元相对较长的SSRs（主要是SSRs6）。 整体上，病毒对di-型微卫星序列有特殊的偏好性。具体来说，病毒对由A和