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实用生物信息教程 蛋白质序列数据库 北京大学罗静初 2010年3月29 日 蛋白质序列数据库 • UniProt — 国际蛋白质序列数据库 • UniProtKB — 蛋白质序列知识库(Knowledge Base) • UniRef — 蛋白质序列参考集 • UniParc —蛋白质序列档案库 • RefSeq — NCBI参考序列数据库 • PIR — 蛋白质信息资源(Protein Information Resource) UniProt数据库组成 • UniProtKB — 蛋白质序列知识库 • Swiss-Prot — 人工审核 • TrEMBL — 计算机翻译(EMBL中编码序列) • UniRef — 蛋白质序列参考集 • UniRef100 — Identity = 100% • UniRef90 — Identity 90% • UniRef50 — Identity 50% • UniParc — 蛋白质序列档案库 UniParc与其它数据库链接 • RefSeq — NCBI参考序列数据库 • Swiss-Prot/TrEMBL — 蛋白质序列知识库 • PIR — 蛋白质信息资源 • IPI — 国际蛋白质序列索引(International Protein Index) • PDB — 蛋白质三维结构数据库(Protein Data Bank) • DDBJ/EMBL/Genbank — 核酸序列数据库 • ENSEMBL/VEGA — 基因组序列数据库 • FlyBase/WormBase/TAIR — 模式生物基因组数据库 • Patent — 专利序列数据库 Swiss-Prot数据库数据增长 Swiss-Prot数据库中常见物种序列条目实例 识别符 英文名 拉丁文学名 实例 蛋白质名称 BOVIN Bovine Bos Taurus INS_BOVIN 牛胰岛素 CHICK Chicken Gallus gallus COCH_CHICK 鸡听觉相关蛋白 ECOLI E. Coli Escherichia coli MCJA_ECOLX 大肠杆菌抗菌肽 HORSE Horse Equus caballus HBA_HORSE 马血红蛋白 HUMAN Human Homo sapiens P53_HUMAN 人抑癌基因 MAIZE Maize Zea mays TB1_MAIZE 玉米分蘖基因 MOUSE Mouse Mus musculus TRPA1_MOUSE 小鼠痛觉受体 PEA Pea Pisum sativum PPF1_PEA 豌豆内膜蛋白 PIG Pig Sus scrofa TRYP_PIG 猪胰岛素 RABIT Rabbit Oryctolagus cuniculus DSIP_RABIT 兔睡眠肽 RAT Rat Rattus norvegicus GHRL_RAT 大鼠饥饿激素 SHEEP Sheep Ovis aries OPSD_SHEEP 绵羊视紫红质 SOYBN Soybean Glycine max LGB2_SOYBN 大豆血红蛋白 TOBAC Tobacco Nicotiana tabacum RBL_TOBAC 烟草核酮糖二磷酸缩化酶 WHEAT Wheat Triticum aestivum AGI2_WHE