第十章分子对接教学文稿.pptVIP

第十章 药物设计的基本方法——分子对接;内容;CADD基于结构方法分类;10.1 引言;;大肠杆菌乙酰辅酶A羧化酶;在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合物。 优点：小分子配体来自现有化合物数据库或制药公司自己 的数据库，合成路线比较成熟； 分子对接方法从整体上考虑受体与配体结合的效果 加速先导化合物的发现进程。;10.2 分子对接法的基本原理;;;;;;;;;;;分子对接的目的：找到底物分子和受体分子的最佳结合位置;;;对接类型;10.3 分子对接软件;分子对接软件——最常用的分子对接软件被引次数统计 ;10.4 DOCK;10.4.1 基本原理;;;;;10.4.2 柔性对接;;;;a. 锚优先搜寻;;10.5 AutoDock;10.5.1 评价函数;;根据热力学定律，离解过程的自由能变化和焓的变化： 实验测定的自由能与离解常数： ;;配体-受体结合的热力学;;;AutoDock在早期版本中使用的是模拟退火算法（Simulated Annealing Algorithm）来寻找配体与受体最佳的结合位置状态，而从3.0版本开始使用一种改良的遗传算法，即拉马克遗传算法（Lamarckian Genetic Algorithm，LGA）。 测试结果表明，LGA比传统的遗传算法和模拟退火具有更高的效率。在LGA方法中，作者把遗传算法和局部搜索（Local search）结合在一起，遗传算法用于全局搜索，而局部搜索用于能量优化。 ;;;;;;;;;;分子对接在药物设计中的应用;;;;总结;作业