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基因组学在肺癌研究中从基础向临床应用的转化 中国肺癌杂志2005年10月第8卷第5期ChinJLungCancer,October2005,Vo1.8,No.5 ? 第十一届世界肺癌大会专题? 基因组学在肺癌研究中 从基础向临床应用的转化 王艳萍周清华 【中图分类号】R734.2;R730.5 随着人类基因组计划的完成,应用基因组计划的 研究成果探讨肿瘤发生,发展,侵袭转移的分子机理, 开发抗肿瘤分子靶向药物,已成为当今肿瘤学领域的 前沿和重点课题.第十一届世界肺癌大会有关本领域 的研究内容较多,除应用基因芯片研究肺癌癌变,发 生,发展的分子机制,以及肺癌的分子病因学外,更多 的研究关注应用基因芯片技术获得的肺癌基因表达谱 (基于肺癌细胞中癌基因或抑癌基因的变化或新找到 的基因)如何向临床应用转化的问题,包括肺癌的分子 诊断,早期发现,特异性标志物的筛选,转移的早期诊 断,化疗疗效和预后的判断,以及化疗耐药机制的研究 等,从而为肺癌的分子诊断和个体化治疗提供理论基 础和实验依据.本文拟就本次大会有关基因芯片技术 在肺癌中的研究内容作一介绍,以飨广大读者. 1基因芯片技术概述 基因芯片(genechip)又称DNA芯片(DNA chip),DNA阵列(DNAarray),DNA微阵列(DNA microarray),寡核苷酸阵列(oligo—nucleotidearray), 微阵列(microarray),芯片(chip)等.基因芯片技术在 基因表达,测序及功能研究方面的应用,为从分子水平 对肺癌研究提供了强大工具.基因芯片是指将成千上 万特定的寡核苷酸片段或基因片段(DNA或cDNA) 作为探针,代表已知的基因或表达序列标签(EsT)克 隆或一个基因完全的突变序列,有规律地以阵列的形 式排列固定于微小的支持物上,然后与待测的经荧光 标记样品的基因按碱基配对原理进行杂交,再通过激 光共聚焦荧光检测系统等对芯片进行扫描,并配以计 算机系统对每一探针上的荧光信号做出比较和检测, 从而迅速得出所要的信息.由于基因芯片具有高通 量,大规模,高灵敏性,高度自动化和重复性的特点,使 其在生物医学的研究中具有广阔的应用领域.传统的 作者单位:610041成都,四川大学华西医院四川省肺癌分子重点实验 室(通讯作者:王艳萍,E-mail:huyongwyp@vip.sina.corn) 研究肺癌分子事件的分子遗传学方法不少,虽然有助 于探讨和阐明肺癌的癌变机制,但存在许多的缺点:如 Northern杂交只适用于检测高丰度的基因,且敏感性 低;RT—PCR所能检测的基因数量较少;mRNA差异 显示法假阳性较高,且难于定量;比较基因组杂交 (cGH)对多克隆的肿瘤彼此之间某些区域拷贝数变 化可能会检测不出来,分辨率有限,很难检测出基因组 小区域的改变,虽然可发现许多的染色体异常区域,但 无法直接找到相关的基因.相对于其它遗传学研究方 法,基因芯片可以克服上述的这些缺点,因而日益受到 瞩目.在本次大会中,有数篇应用比较基因组杂交微 阵列分析法(array—CGH)研究肺癌相关基因的报 道一,该方法的基本原理同CGH,但是将原有的中 期染色体杂交模板替换成微阵列式的DNA如人工细 菌染色体(BAC),P1人工染色体和代表特定遗传学位 点的cDNA,可大幅提升CGH的解像力到100kb. DNA微阵列已经显示出检测表达水平的可靠定量能 力,具有很好的灵敏度和分辨率,甚至可以检测到一个 拷贝数的差异.array—CGH不仅可获得类似传统的 CGH结果,而且可以进一步发现可能存在的基因变 异,如发生明显扩增的基因和缺失的基因.该方法是 寻找疾病相关基因,特别是癌症相关基因的利器,并可 在染色体层次探讨基因的转录活性. 2基因芯片在肺癌癌变机制及病因学研究中的应用 长期以来对肿瘤相关基因的研究方法或集中于单 一 基因和少数材料,或只是某一组织或细胞的多数基 因的研究,难以对肿瘤相关基因的表达全貌有完整的 认识.基因芯片的问世解决了研究方法学上的问题. 肿瘤的发生,发展是以复杂的基因异常表达变化为基 础的,肺癌的发生和演进也是多种癌基因异常激活或/ 和抑癌基因失活的结果.分析比较肺癌细胞与正常细 胞基因表达谱的差异,寻找肺癌相关基因,是认识肺癌 发生,发展分子机制的重要途径.肺癌基因表达谱的 差异隐含了肺癌在发生发展过程中,增殖周期中不同 中国肺癌杂志2005年1o月第8卷第5期ChinJLungCancer,October2005,Vo1.8,No.5 的阶段,不同的病理分期,不同的生物学行为,以及在 不同的诱导环境下的分子基础,为我们进一步研究肺 癌的发生机制,指导临床诊断与治疗提供重要的线索. 近5年来已经有不少应用基因芯片对肺癌相关基因表 达谱或基因指纹