合成生物学教程.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * 18 July 05. Method: Rough Google search. Thus not a thorough survey. No academic facilities. * Synthesize around 50-70bp * * 合成生物系统的模块化 为了克服常规基因操作中繁琐的切、连、转、筛等，更加灵活地使用DNA元件，合成生物学家创造性地提出了标准化生物模块——生物积块（BioBrick）的概念，并构建了相应的DNA元件文库——iGEM Registry。 除了用标准化的功能模块作为承载功能的硬件外，还需要标准化的系统量化平台和抽象的概念信号作为承载功能的软件。为此，iGEM Registry提供了衡量和代表输入输出信号的标准——PoPS（RNA polymerase per second）和RIPS（ribosomal initiations per second）。 合成生物系统的层次化结构 具有一定功能的DNA序列组成最简单的生物积块，称为生物部件（Part）；不同功能的生物部件按照一定的逻辑和物理连接组成复杂的生物装置（Device）；不同功能的生物装置协同运作组成更加复杂的生物系统（System）；含有多种不同共能的生物系统彼此通讯互相协调组成再复杂些的多细胞或细胞群体生物系统。在合成生物系统中，这些模块主要利用逻辑拓朴结构中的串联、前馈和反馈等合理组合连接成具有一定功能的遗传线路；同样，遗传线路又可连接成调控网络或生物系统。 合成生物学的意义 加速合成生物系统工程化的进程 验证和深化对于生物现象的理解 合成生物学的应用 医药 生物 环境 人类健康 能源 微生物砷离子检测示意图 合成生物学大事记 1828年，Wohler利用氰酸铵合成尿素。 1953年，Miller通过放电合成氨基酸，模拟原始地球的有机物发生过程。 1965年9月17日，中国合成了第一个人工合成的蛋白质——结晶牛胰岛素。 1968年，Khorana等合成了核苷酸及基因密码子。 1970年，Khorana等首次用化学方法人工合成了有77个核苷酸对的酵母丙氨酸的结构基因。 1972年，Price和Conover等的实验室各自用反向转录酶合成了家兔和人的珠蛋白基因，这是首次合成真核生物的基因。 1973年8月，Khorana等又合成了具有126个核苷酸对的大肠杆菌酪氨酸tRNA基因，但并没有转录功能。 1973年11月，Stanley Cohen和Herbert Boyle等精确地把基因或者DNA片段插入其他细胞中，从而建立了重组DNA技术。 1977年，美国加州大学的Boyer等用化学方法合成了人生长激素抑制因子的基因。 1979年，Khorana等合成了酪氨酸阻遏tRNA以及酪氨酸tRNA基因。 1981年11月20日，中国合成酵母丙氨酸转移核糖核酸。 2000年1月，Gardner等在大肠杆菌中构建了基因开关 (Toggle switch)，一个合成的双稳态基因调控网络。Elowitz等构建了第一个合成的生物振荡器——压缩振荡子(Repressilator)。这两项事件标志着合成生物学作为一项新的领域正式产生。 2000年11月，Brenner等设计向细胞DNA中参入天然不存在的碱基的方法来发展人工遗传系统，支持人工生命形式。 2001年，Schultz实验室向大肠杆菌蛋白质生物合成装置中添入新的组分 (tRNA/氨酰—tRNA合成酶组合)，使之能通过基因生成非天然的氨基酸。 2002年8月，Cello等制造了第一个人工合成的病毒——脊髓灰质炎病毒。 2003年7月，Keasling等在美国劳伦斯伯克利国家实验室设立合成生物学部，并在大肠杆菌中成功地建立了合成青蒿素的网络，使得青蒿素价格降低到原来的1/10。 2003年8月，Schultz实验室又发明了一种向酵母中加入非天然氨基酸密码子的方法，成功地向蛋白质中导入了5种氨基酸。 2003年12月， Venter小组合成了噬菌体φX174的基因组。 2004年6月，第一届合成生物学国际会议在美国麻省理工学院召开。 2004年10月，美国、加拿大与日本的学者合作将收集到的1918年西班牙流感病毒的DNA片段进行分析，并据此人工合成了该株流感病毒编码HA和NA蛋白的基因，进而获得了新的流感病毒。该病毒表现出与西班牙亚型流感病毒相近的致病性。 2004年12月，Libchaber小组尝试创造了一个模拟人造生物——“囊生物反应器”(Vesicle bioreactors)，其组成部分来自不同的生物材料：由蛋清中的脂肪分子和大肠杆菌细胞提