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限制性内切酶分析常用软件 RESTRICTION ANALYSIS DNAssist 1.02 DFW 2.21 Generunner 下载地址：/dna.html 酶切位点分析与引物设计 限制性内切酶分析 Dnastar 序列格式转换 限制性内切酶分析 序列拼接 下载网址：/web/index.php 酶切位点分析与引物设计 引物设计 从原理来说，引物的设计和分析并不是DNA序列分析的一个基本方法，但是在分子生物学研究中常常需要用到。我们主要介绍针对PCR的引物设计。 酶切位点分析与引物设计 引物设计的标准： 引物的长度通常为20-30个碱基 引物避免有发卡结构 引物避免有彼此之间的互补配对 两个引物之间避免有类似序列 引物与核酸序列数据库的其他序列无明显类似 引物5’端能加上合适的酶切位点 引物组成均匀，避免含有相同碱基的多聚体，两个引物的G＋C％含量近似 酶切位点分析与引物设计 引物设计的标准： 可见，引物设计包含序列组成的计算、序列对DNA序列数据库的类似性检索、两个序列的比较、碱基互补配对和发卡结构分析以及酶切位点检索等基本的DNA序列分析过程。 事实上，许多PCR引物设计程序会略过或简化上述的某些过程。 酶切位点分析与引物设计 引物设计工具 Primer Premier 5.0 可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。 也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。 酶切位点分析与引物设计 引物设计工具 Primer Premier 5.0 下载/primerdesign/primerdesign.html 安装 执行安装程序即可 下载的为demo版，只能对它的示例序列进行操作 在C盘下找到WIN.INI，将vspace=DU改为vspace=PU便可以使用全部功能 酶切位点分析与引物设计 其他引物设计软件： Primer3 /genome_software/other/primer3.html /dna.html 酶切位点分析与引物设计 实际引物设计采用的几条原则 引物长度20-30个，最好不要超过30个； Tm=（A+T）X 2+（G+C）X 4，退火温度为Tm-7 G+C%=40-60% 5’、3’ 引物退火温度最好相等； 四个相同的碱基相连最好不要出现； 引物的最后一个避免为T。 酶切位点分析与引物设计 Neural Networks A neural network (or artificial neural network) is a statistical model with a special architecture for pattern recognition and classification. It is composed of a network of mathematical variables that resemble the biological nervous system, with variables or nodes connected by weighted functions that are analogous to synapses (Fig. 8.6). Another aspect of the model that makes it look like a biological neural network is its ability to “learn” and then make predictions after being trained. The network is able to process information and modify parameters of the weight functions between variables during the training stage. Once it is trained, it is able to make automatic predictions about the unknown. In gene prediction, a neural network is constructed with multiple layers： Input： The input is the gene sequence with intron and exon signals. Output：The output is the probability of an exon structure. Hidden layers: o