参考技术参数微生物doc.docVIP

实验数据分析和大数据挖掘模块参考参数（共一包） 项目名称 数量 参数 高通量测序数据分析软件 CLC Genomics Workbench 1套 1,永久授权,当年最新版本 2，对二代测序数据的分析服务平台进行维护，可提供Read mapping，De novo assembly，SNP检测，EST文库构建，表观基因组学分析，且有全套整合的ChIP测序分析方案，可对SOLiD、Illumina和454系统产生的小RNA序列进行分析，也支持基于Mortazavi A等方法的mRNA seq； 3，工作系统为win、mac、Linux； 4，免费服务时间≥十二个月 生物学通路分析软件IPA 1套 1，基于客户的药物基因组学通路分析平台，提供完整的生物信息类的分析服务。基于平台的基因组数据库数据，提供基因分子功能聚类及效应预测、基因与药物相互作用网路构建、基因通路分析、上游效应分析、生物机制网络分析、分子活性预测、生物标志物比对、microRNA过滤等8类数据分析服务； 2，提供基于云计算的一体化生物通路分析服务。依托高度结构化的生物信息智能数据库，一方面能够提供基因、蛋白、药物等的各类相关信息搜索服务，并基于以上信息构建相互作用模型；另一方面还可以针对来源于基因组、micro-RNA、SNP、芯片、代谢组、蛋白组等的实验数据提供分析服务； 3，为代谢物研究提供关键的调控信息，进而更好的理解代谢组数据中从细胞形态学到代谢作用机制的信息。如:代谢过程通路分析以及寻找并可视化代谢物调控或合成过程等服务内容； 4，从各大专业杂志与期刊中人工摘取并且总结数据、文献等对药物基因组学通路分析平台进行数据补充，确保每周提供文章并进行更新，保证平台分析服务结果的及时性与前沿性； 5，提供基于知识的整套分析服务，确保分析结果内容全面，易于理解，便于交流。为客户提供人性化，个性化，专业的分析服务； 6, 提供与表型或疾病相关的分子鉴定服务, 可以甄选数据集中重要的同等型, 可以预测数据中导致基因表达变化的调控网络, 可以导出关系网络或者通路中感兴趣的分子作用关系； 7, 对单用户进行服务, 服务时间：≥十二个月。 8，要求软件为当年最新版本 核酸和蛋白质序列分析软件 DNAStar Lasergene 1套 非开源软件或共享软件，支持Windows或Linux 包含7个模块：SeqBuilder - 可视化和序列编辑,SeqMan Pro - 序列集结和SNP发现,MegAlign - 序列组合,PrimerSelect - oligo primer 设计,Protean - 蛋白质结构分析和预测,GeneQuest - 基因查找,EditSeq - 导入特殊文件工具 DeNovo测序 有protein 3D功能，能够实现蛋白质三维结构预测 支持一代二代三代测序平台 支持16s rRNA、RNA-Seq、ChIP-Seq和miRNA的多种分析方法 有windows和MAC 两种版本 支持epitope预测 支持五种基因比对方法，包括muscle和clustal 有引物设计功能 有进化树分析功能 可实现安装在一台服务器和不限个数客户端上，同时支持两个并发客户端访问 组学数据分析和挖掘软件 1套 1. 支持输入数据格式： 二代高通量测序仪Illumina、SOLiD、Ion Torrent、Roche/454仪器下输出的SFF、FASTA、FASTQ、CSFASTA文件、以及标准Mapping结果BAM格式文件。 2.支持的分析功能： Denovo组装并设定组装方法；Mapping自定义参数设置；长Indel检测：Indel长度 Reads长度的2/3；变异检测灵敏度设置；变异定位：染色体位置、基因、外显子位置、CDS位置；变异类型分类：Noncoding、Missense、Nonsense、No-stop、Synonymous、Frameshift；全基因组的Mapping结果总体显示；体细胞变异检测；CNV检测；ChiP-Seq数据检测；高通量STR数据倍型检测；HLA配型检测；家系数据比较分析；多样本数据共性及特性分析；转录组数据分析：可变剪接、融合基因、表达水平。 3.支持的输出结果处理： 支持Mapping结果的标准BAM文件格式输出；支持变异的标准VCF文件格式输出；支持标准HGVS格式变异类型输出：HGVS Coding，HGVS Genomic，HGVS Protein；支持常用变异数据库VCF格式导入进行变异分析：Cosmic , dbSNP, ClinVar, 1000Genome, ExAc, Esp6500。支持dbNSFP，dbscSNV格式数据库导入进行变异分析；支持样本Mapping情况统计输出：Matched Rea