基于DNA分子算法求解图的连通度.pdfVIP

基于DNA 分子算法求解图的连通度 摘 要：本文提出了一种利用DNA分子算法解决图论中一个NP完全问题—连通度问题的DNA 计算方法，构建了解决图的连通度问题的DNA分子的计算模型。根据设计的算法，首先需要根据具 体的图的连通度问题设计用于DNA分子链，然后根据算法经过一系列实验过程来求解连通度。这种 生物化学算法可以降低求解连通度问题的复杂度，所使用的生物化学实验技术也很成熟且便于操作， 为下一步DNA分子计算模型的应用提供了可行的方案。 关键词：DNA计算；DNA分子；图的连通度； 中图分类号： TheApplicationofDNAmolecule algorithm onthe Graph s Connectivity Problem’ 1 1,2 YanchaiWang Yafeng Dong 1(Department ofComupute Science, ShaanxiNormalUniversity,Xian 710062,China) 2(Department oflife science, ShaanxiNormalUniversity,Xian 710062,China) E-mail:wangyanchai1025@163.com Abstract A DNA computing algorithm is proposed in this paper which uses DNA molecule ： algorithm to solve an NP-complete problem in the Graph theory, algorithm model of the connectivity problem are also established. According to the algorithm we need to design the special DNA molecule which will assemble based on a specific graph, then a series of experiments are performed to get the final answer. This biochemical algorithm could reduce the complexity of the connectivity problem. The biochemical experimental technologies are mature and available, which will provide a practical way to validatethepracticability andeffect ofDNAmoleculealgorithmmodel. Key words：DNAcomputing;DNAmolecule;graph’sconnectivity; CLC index： 1 引言 DNA 计算是一门新兴的交叉学科, 它融合了分子生物学、数学、化学和计算机科学. 1994 年,Adleman [1] 首次利用线性DNA 分子解决了一个7 个顶点的Hamilton 路问题。 随后，分子计算引起了许多科学家的目光。 1995 年，Lipton [2] 建立了解决可满足问题的 DNA 计算机。后来，Ouyang 等 [3] 提出了解决最大团问题的DNA 计算模型. 以上方法 都是利用线性DNA 分子计算NP 完全问题. 虽然，利用线性DNA 分子的计算模型具有巨 大的并行性，但这种计算模型存在天然的劣势，由于线性DNA 分子之间能够重组，所以每 个不同的分子就必须被分离到单独的试管中，这样随着问题规模的扩大，需要的管数呈指 数爆炸式增长。近年来, 很多研究学者提出了利用如RNA [4] 、质粒 [5] 和瓦片 [6,7] 等 多种不同的分子作为工具进行计算。2000 年,Mao 等 [6] 在 《Nature》上报道了他们的工 作，阐述了用DNA 组装成的瓦片进行逻辑运算，为DNA 计算提供了一种新的思路，2007 年,Brun [8] 利用瓦片进行了加法和乘法运算。2010 年