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教 案 2006 ~ 2007学年 第 二 学期 学 院、 系 室 生科院生物科学系 课 程 名 称 生物信息学 专业、年级、班级 生物信息专业04级 主 讲 教 师 何 华 勤 福 建 农 林 大 学 福 建 农 林 大 学 教 案 编号：1－1 课时安排： 4 学时 教学课型：理论课□ 实验课□ 习题课□ 实践课□ 其它□ 题目（教学章、节或主题）： 第一章：Introduction 1、What is Bioninformatics? 2、The methods for Bioinformatics? 教学目的要求（分掌握、熟悉、了解三个层次）： 掌握生物信息学的广义、狭义概念 熟悉生物信息学的研究方法 教学内容（注明：* 重点 # 难点 ？疑点）： 生物信息学的定义 二十一世纪是生命科学的时代，也是信息时代。 近年来，随着现代分子生物学的发展，特别是人类基组计划的实施，不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。这样，生物信息学最终形成一门独立的学科并被推上了生物科学发展的最前沿。 1.1 概念 DNA测序技术的飞速发展使分子生物学经历了信息革命时代，这一革命得益于计算机技术在过去十年来突飞猛进的高速发展。80年代中期，计算机在生物学中的广泛应用孕育了生物信息学这一新兴学科。 * 广义上说，生物信息学指利用信息技术管理和分析生物学数据。生物信息学所涉及的范围相当广泛，单就基因组数据分析这一角度来看，生物信息学主要指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。 * 生物信息学（Bioinformatics）是一门利用计算机与数学、信息科学技术，有效地进行海量生物学数据信息的提取、整合、分析与应用，发现生物学（尤其是分子生物学）内在定量规律的有突破意义的重大交叉前沿学科领域。 生物学数据的规模：有人估计，人类（包括已经去世和仍然在世的）所说过的话的信息总量约为5唉字节（1唉字节等于1018字节），而如今的生物学数据的信息量已接近或超过这个数量级。 ( 数据并不等于信息和知识，而是信息和知识的源泉，关键在于从中挖掘他们。 ( 生物信息学是一门建立、管理并运用生物信息数据库研究生命现象，并最终模拟出生命有机体复杂性的科学。 ( 利用计算机模拟生物过程依然的很大的局限性，究其根源，主要在于我们对生命科学中重大问题的了解仍然十分有限。如： （1）蛋白质折叠机制尚未得到完全阐明。 （2）对某个特定的序列或折叠方式，究竟源于趋同进化还是趋异进化，尚难给出明确的结论。 趋同进化：不同物种的蛋白质经过进化，结构或功能相似性。 趋异进化：同一物种的蛋白质经过进化后，序列、结构或功能发生变化。 1.2 信息的产生及其衡量 （1）DNA和蛋白质中都存在有信息 破译人类遗传密码就要读懂由30亿符号组成的100万页的“天书”。 DNA是生物大分子，由数以千万计的基本结构单位——脱氧核苷酸串连而成链状结构，进一步由两条链状结构进一步聚合在一起，开成婉如火车铁轨的双轨形状，枕木一端相连一段铁轨就相当于DNA分子中的1个脱氧核苷酸。 人体的DNA分子中只有4种化学成分不同的脱氧核苷酸，在分子中重复排列并似乎交替不规则地出现。46条染色体中共含有约30亿个脱氧核苷酸。每1条染色体拥有的4种脱氧核苷酸数量极大，4种脱氧核苷酸从DNA分子的一端排向另一端，可存在千变万化的排列顺序，这种特定的脱氧核苷酸排列顺序蕴藏着无穷大数量的遗传信息。 DNA或mRNA的四种碱基共组成64种密码子，其中61个密码子编码常规的20种氨基酸，3个密码子为肽链终止密码。 除甲硫氨酸和色氨酸以外，其他的氨基酸均有两种以上的密码子，这种多种密码子编码一种氨基酸的现象称为简并（degeneracy）。 （2）信息的计算 信息是指能消除人们对事物不确定认识的东西。事物的不确定性可以用H来描述。 2、生物信息学的发展历史 生物信息学（Bioinformatics）----采用信息科学、计算机科学、生物数学、比较生物学等学科的观点和方法对生命的现象及其组成分子（核酸、蛋白等）进行研究。主要研究生命中物质的组成、进化、结构与功能的规律、以及这些物质在生命体中能量和信息的交换或传递。 该学科以计算机和生物电子设备为工具，对生物信息进行提取、储存、加工和分析，用信息理论技术及生物数学的方法去理解和阐述生物大分子的存在和生命价值，最终对它们进行各种处理与应用。通过这些处理和应用，科学家不仅能理解已有的核酸和蛋白质序列及其功能，而且能更好地着手研究新的基因和蛋白序