高通量测序技术知识的类型原理及应用--ppt.ppt

;主要内容;概 述;类型及原理; 2005年，454 Life Sciences 公司( 现已被Roche公司收购) 首先推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统，开创了第二代测序技术的先河。;原理：酶级联化学发光反应 1.首先将PCR 扩增的单链DNA 与引物杂交，并与DNA 聚合酶、ATP 硫酸化酶、荧光素酶、三磷酸腺苷双磷酸酶、底物荧光素酶和5'-磷酸硫酸腺苷共同孵育。;原理：酶级联化学发光反应 3.焦磷酸盐被硫酸化酶转化为ATP，ATP 就会促使氧合荧光素的合成并释放可见光，CCD 检测后通过软件转化为一个峰值，峰值与反应中掺入的核苷酸数目成正比。;此后，Illumina 公司和ABI 公司相继推出了Solexa和SOLiD(supported oligo ligation detetion)测序技术。;第二代测序技术;;;在第二代测序平台不断完善和广泛应用的同时，以对单分子DNA进行非PCR测序为主要特征的更新的测序技术也初显端倪。 2008年4月Helico BioScience公司的Harris等在Science上报道了他们开发的基于全内反射显微镜(total Internal reflection microscopy,TIRM) 的测序技术—单分子测序技术。;;3.洗涤、成像，切开荧光染料和抑制基团； 4.洗涤、加帽，允许下一个核苷酸的掺入； 5.这样通过掺入、检测和切除的反复循环，即可实时读取大量序列。;单分子实时技术(SMRT);Ion PGM测序技术 原理 基于半导体芯片技术，在半导体芯片的微孔中固定DNA链，随后依次掺入ACGT，随着每个碱基的掺入，释放出氢离子，在它们穿过每个孔底部时能被检测到。;; 目前Helico BioScience公司的HeliScope测序仪售价近百万美元，这是一般实验室和科研单位所不能承受的。 Life Techologies公司推出的Ion Personal Genome Machine (PGMTM) 测序仪价格仅为普通测序仪的1/10，而且研究人员能够在2h内获取从10Mb到1Gb以上高精确度序列。 ;大规模平行测序(massively parallel signature sequencing，MPSS)：它利用芯片进行测序，可以在数百万个点上同时阅读测序，把平行处理的思想用到极致。 ;高通量测序技术的优点;高通量测序技术的应用;全基因组测序;高通量RNA测序及其在转录组和基因表达调控上的应用;; 高通量RNA 测序技术另一个广泛应用的领域是小RNA 的研究。 小RNA在植物的生长、发育和外界胁迫应答等方面具有重要功能。 但由于小RNA序列短、同源性高，因此利用基因芯片检测小RNA非常困难。 高通量测序技术不但能够克服这一难题，而且能够发现新的小RNA。目前，高通量测序技术已经成功的应用于拟南芥、水稻和小麦等生物小RNA的研究。 ; ; 染色质免疫共沉淀测序(chromatin immune precipitation sequencing，ChIP-Seq) 技术充 分结合了ChIP和高通量测序技术的优势，能够在全基因组范围内高效地研究目的蛋白的结合位点。 ;;;;;存在的问题;;发展趋势; 相信随着高通量测序成本的进一步降低和对海量数据处理能力的不断提高，高通量测序将成为一项常规的实验手段，并为生物学和生物医学研究领域带来革命性的变革。;谢 谢！